Во второй половине XVII столетия предпринимались попытки преодолеть недостатки приказов. Иногда управление группой приказов сосредоточивалось в руках одного лица: тесть царя Алексея Михайловича боярин Милославский руководил работой четырех приказов. Другой путь совершенствования приказного строя состоял в уменьшении числа приказов, объединении нескольких родственных учреждений. Впрочем, реальное значение подобных мер было невелико – к концу столетия в стране насчитывалось свыше 40 приказов. И все же эти попытки показательны, поскольку отражали характерный для абсолютной монархии процесс централизации управления.
Эволюция приказного строя и Боярской думы протекала медленно и практически безболезненно. Напротив, установление преобладания светской власти над духовной происходило в атмосфере острой борьбы, насыщенной драматическими событиями. Кульминационным пунктом соперничества светской и духовной власти было дело Никона.
Никон, человек властный и высокомерный, став в 1652 году патриархом, при царе Алексее Михайловиче достиг огромного влияния. Его власть распространялась не только на духовное ведомство, он вторгался и в светские дела, носил наряду с царем титул «великого государя». Во время отсутствия царя в Москве Никон управлял Боярской думой и самостоятельно решал военные и гражданские вопросы. Патриарх Никон сравнивал архиерейскую власть с солнцем, а царскую – с ночным светилом, отражающим свет солнца. Деятельность Никона, не терпевшего возражений, вызвала недовольство и среди духовной братии, и среди влиятельных бояр.
Исподволь назревавший конфликт завершился разрывом царя с патриархом, а затем и его низложением – в 1666 году Никона под охраной стрельцов отправили в Ферапонтов монастырь, где он жил простым монахом на скудном довольствии.
Притязаниям Никона был дан отпор. Однако низложение честолюбивого патриарха не означало полного крушения церковной власти и не исключало возможности возобновления борьбы.
Регулярную армию Петр создавал тоже не на пустом месте. Старинная организация вооруженных сил претерпела существенные изменения еще при его предшественниках. Пало значение поместного войска, созываемого на случай военных действий и распускаемого по домам, как только военные действия прекращались. Участие в войнах стрелецкого войска, составлявшего постоянный контингент вооруженных сил, тоже значительно сокращается. Стрельцы выполняли преимущественно полицейские функции, их использовали для охраны царской резиденции, сопровождения царя и членов его семьи в походах, а также для подавления восстаний горожан.