Тем не менее новые явления хотя и медленно, но пробивали себе путь. В экономике это выражалось в развитии ремесла и мелкого товарного производства. Уходила в прошлое хозяйственная замкнутость отдельных районов, их изолированное существование, возникала известная экономическая общность страны. В России появились первые мануфактуры.
Происходили изменения и в политической жизни. Хотя структура органов управления оставалась прежней, но в ней все же наблюдались изменения, характерные для страны, переходившей от сословно-представительной монархии к абсолютистскому режиму.
Высшим учреждением, как и прежде, являлась Боярская дума. Состав этого аристократического органа власти стал постепенно изменяться – в думу начал проникать бюрократический элемент в лице думных дворян и думных дьяков, то есть непородных дельцов, чья карьера была обусловлена их личными способностями. Повышение удельного веса думных дворян и думных дьяков – показатель не только бюрократизации думы, но и роста ее зависимости от царской власти. Одновременно падало значение боярской аристократии. Оба процесса свидетельствовали об эволюции монархии в сторону абсолютизма.
Изменился и приказный строй. Приказное управление было настолько громоздким, сложным и запутанным, что историки и сейчас испытывают затруднения при классификации приказов. Название «приказ» произошло от глагола «приказать». Одни приказы действовали постоянно, и их права распространялись на всю страну. К ним относились Разряд, Поместный, Ямской, Монастырский, Стрелецкий и др. В группу постоянно действующих приказов историки зачислили и так называемые областные приказы – приказы, управлявшие определенной территорией: Сибирский, Казанского дворца, Смоленский и т. д. Иные приказы существовали несколько лет или даже месяцев. Недолговечным приказом был, например, Приказ боярина Одоевского, занимавшийся составлением нового Уложения. Работу над ним приказ завершил в 1649 году и тогда же прекратил существование. Другим типом недолговечных приказов был Записной приказ. Он перестал действовать не потому, что выполнил поручение, а вследствие того, что не справился с ним – ему надлежало написать историю царствования Алексея Михайловича.
Всего на протяжении XVII века, а этот век считается временем расцвета приказного строя, в России насчитывалось около 80 приказов. Для центрального аппарата этого столетия характерно отсутствие четкого разграничения дел между приказами. Знаменитая приказная волокита была порождена, в частности, отсутствием уставов и регламентов, определяющих права и обязанности приказов, что вынуждало их по всякому пустяку просить указа у Боярской думы или царя.