Следующая массовая казнь состоялась 11 октября. На этот раз стрельцов вешали не только на специально сооруженных виселицах, но и на бревнах, вставленных в бойницы Белого города. Вся группа казненных, а их насчитывалось 144 человека, не подвергалась розыску. Стрельцов казнили за то, что они служили в одном из четырех полков, участвовавших в мятеже.
В общей сложности в конце сентября и в октябре месяцах казням подверглось 799 стрельцов. Более половины из них казнили без предварительных допросов. Сохранена была жизнь только малолетним стрельцам в возрасте от 14 до 20 лет, которых после наказания отправили в ссылку. В казнях принимал участие Петр и его приближенные. Царь выражал недовольство, когда бояре нетвердой рукой, без должной сноровки рубили головы мятежникам.
Столица долгое время находилась под впечатлением массовых казней. Трупы повешенных и колесованных не убирались в течение пяти месяцев. Трое мертвецов мерно раскачивались у окон кельи Сусанны – так назвали царевну Софью после ее пострижения. В руки стрельцов были вложены листы бумаги. Они должны были напоминать монахине о ее письме, адресованном стрельцам.
Некоторые сведения о настроении Петра в разгар стрелецкого розыска и казней мы можем почерпнуть из записок иностранцев. Судя по этим данным, Петр внешне выглядел веселым. Впрочем, за личиной веселой беззаботности скрывалось огромное нервное напряжение, которое иногда прорывалось наружу.
29 сентября, то есть накануне казни первой партии стрельцов, царь присутствовал на крестинах сына датского посланника. «Во все время обряда его царское величество был весьма весел», – заметил очевидец. Но тут он описал эпизод, свидетельствующий о том, сколь незначительным мог быть повод, чтобы вывести Петра из состояния равновесия и вызвать разрядку напряженности. «Заметив, что фаворит его Алексашка (то есть Меншиков) танцует при сабле, он научил его обычаю снимать саблю пощечиной; силу удара достаточно показала кровь, обильно пролившаяся из носа».
Вечер после казней 30 сентября Петр провел на роскошном пиру у Лефорта, где «оказывал себя вполне удовлетворенным и ко всем присутствующим весьма милостивым». В канун второй казни стрельцов, в воскресный день 9 октября, царь находился в гостях у полковника Чамберса, командира Преображенского полка. Ужин и на этот раз прошел без происшествий. Но вот во время пира у цесарского посла, состоявшегося за день до казни последней партии стрельцов, нервы Петра не выдержали, причем это нашло иное выражение, чем на приеме у датского посла: «У царя похолодел живот и начались схватки в желудке: внезапная дрожь, пробежавшая по всем его членам, внушила опасение, не кроется ли тут какого злого умысла». Присутствовавший здесь врач предложил в качестве лекарства употребить токайское вино, и оно избавило царя от приступа. В дальнейшем «с лица его царского величества не сходило самое веселое выражение, что являлось признаком его внутреннего удовольствия».