Идею императора о создании Академгородка под Екатеринбургом, Николай Иванович Лобачевский поддерживал с самого начала. Но то, что в 1837 Николай Павлович попросит его возглавить это начинание, этого он никак не ожидал. И будущий переезд из родной Казани, и разлука с Казанским университетом, который был и его детищем, вызывали в нем грусть и тоску. Поначалу Николай Иванович обосновался в недавно основанном Екатеринбургском университете. Строительство Академгородка еще не завершилось, но требовалось заказать и установить оборудование для будущих лабораторий, и опыт декана был тут незаменим. Параллельно, ученный преподавал прикладную математику, алгебру и курс плоской и сферической геометрии.
В течение года в Екатеринбург стали съезжаться и другие ученные. Среди них Дмитрий Иванович Соколов - минералог и Николай Дмитриевич Брашман - математик и давний знакомый Лобачевского. Приехал и Павел Львович Шиллинг - изобретатель электромагнитного телеграфа и другие. В дальнейшем к ним обещал присоединиться и Борис Семенович Якоби, пользовавшийся большим авторитетом у императора. Вначале все обосновались в Екатеринбурге, ожидая приезда оборудования из столь далеких Москвы и Петербурга, хотя некоторые приборы Лобачевский заказал на месте. Приезд столь маститых ученных в провинциальный университет был подобен разрыву бомбы. Университет забурлил, в его недрах ежедневно происходили споры, дискуссии и просто будничные ссоры. С другой стороны университет получил мощный импульс, так как студенты могли прослушать курс у лучших ученых империи.
Николай Иванович метался между всеми, пытаясь навести хоть какой-нибудь порядок и пристроить приехавших ученых в университет на соответствующие кафедры. Раз в неделю он совершал тридцатикилометровую поездку в Академгородок, где уже достраивались дома для будущих профессоров, докторов и доцентов.
Перед отъездом в Екатеринбург, Лобачевский встречался с императором, который приехал в Казань после посещения Нижегородской ярмарки. Именно тогда Николай Павлович и попросил его возглавить сие предприятие. Со своей стороны император обещал выделить значительные средства на строительство и обустройство. Ибо, как заявил ему государь, Академгородок должен стать центром научной мысли империи, который поможет процветанию Сибири, да и страны в целом. Николай Иванович принял вызов, согласившись возглавить, сей, поистине революционный, проект.
Этому предприятию давалась известная автономия в том, что и как исследовать, но чтобы наука оставалась прикладной, ученные должны были помогать осуществлению проектов, нужных империи, в том числе и в военных изысканиях. Вдобавок для воспитания достойной смены, профессорам предоставлялось право первыми набирать лаборантов из любых университетов империи, да и из европейских университетов тоже.