Много дел представилось выполнить Михаилу Феодоровичу для восстановления порядка в государстве и для обеспечения его внешней безопасности. По всей стране безобразничали казаки, которые хотя и способствовали изгнанию поляков, но стремились добыть себе «новые зипуны». В Астрахани засел один из казачьих же атаманов Заруцкий, в распоряжении которого находились вдова Лжедимитрия Марина Мнишек и сын ее, которого Заруцкий мечтал провести на царство Московское. Собранное войско разогнало казаков и разбило Заруцкого, после чего последний был посажен на кол; сына Марины повесили, а сама Марина умерла в тюрьме. Успокоивши государство внутри, пришлось посчитаться и с соседями. С севера наседали шведы, а с запада грозили поляки, стремясь отомстить за неудачу в своих планах поработить Москву. Война со шведами длилась до 1617 года и окончилась Столбовским миром, по которому шведы сохранили из своих завоеваний лишь Иван-город, Ямы, Копорье и Орешек; с Польшей заключили лишь перемирие в Деулине в 1619 году, после которого был освобожден из плена Филарет Никитич, но в 1632 году война снова возобновилась и окончилась в 1634 году вечным миром на реке Поляновке, по которому новый польский король Владислав отказался от всяких прав на Московский престол, но удержал за собой Смоленск и Северскую землю.
С третьим опасным врагом — турецким султаном удалось остаться в мире, несмотря на то, что казаки, считавшиеся султаном за подданных московского царя, принесли Турции немало забот. Так, в 1637 году они заняли турецкую крепость Азов и сообщили о том Михаилу Феодоровичу. Последний, остерегаясь войны с султаном, хотя и рад бы был получить в свои владения столь важный пункт на южном море, принужден был отнестись к казакам с порицанием: «Азов взяли вы, — писал он казакам, — без нашего царского повеления». А султану сообщил: «Казаки Азов взяли воровством, они издавна воры, беглые холопы и нашего царского приказания ни в чем не слушают; вам бы, брату нашему, на нас не досадовать за то, что казаки Азов взяли, это они сделали без нашего повеления самовольством, и мы за таких воров никак не стоим и ссоры за них никакой не хотим, хотя их воров всех в один час велите побить; мы с вашим султановым величеством в крепкой братской дружбе и любви быть хотим». Казаки просидели в Азове до 1641 года, отразили 24 приступа турецких войск, принудили их снять осаду и снова просили Михаила Феодоровича принять от них Азов. Большое было искушение царю приобрести приморский город, но предшествовавшие войны истощили и так разоренное население; пришлось удержаться от новой трудной и долгой войны и скрепя сердце послать казакам приказ очистить Азов и вернуть его Турции.