Между тем последовательный слом силовых ведомств, их многочисленные разделения и слияния так или иначе показывали, что либералы заточены на их окончательное уничтожение. И исподволь каждый новый пласт назначенцев в силу своих возможностей и ограниченных потенциалов сопротивлялся этому, но сопротивлялся под ковром и не выходил на открытые столкновения.
Следующий острый конфликт силовиков с либералами достиг своей верхней точки весной 1996 года в ходе кампании по выборам президента. Тогда вопрос заключался вовсе не в том, кто выиграет — Ельцин или Зюганов, а в том, с кем Ельцин пойдет на второй срок — с "силовой" группой Коржакова или с либеральными олигархами Чубайса и Березовского. Как известно, победили олигархи. Причем вовсе не тогда, когда после истории с коробкой из-под ксерокса Коржаков был снят с должности, а за три месяца до этого, когда министры МВД и Минобороны из-за соображений межведомственной конкуренции и собственной ограниченности отказались выполнять предложенный главами СБП и ФСБ план переноса выборов, ставивший Ельцина в полную зависимость от силовых структур, что могло свалить группу Чубайса и олигархов.
Борьба за высшую власть осенью 1999 года обошлась внешне без столкновения либералов с силовиками. Но развязанная чеченская война и активные действия ФСБ против Лужкова и Примакова показали, что Кремль сумел переманить "силовиков" на свою сторону, в чем сыграла роль и Приштина и удары по Кавказу. За год до этого после дефолта либерально-олигархические круги впали в глубокую деморализацию и, за исключением двух медиамагнатов, у "семейного" клана практически не было ничего за душой. Лужковско-примаковский блок легко брал власть с опорой на губернаторов и силовиков, что могло бы покончить с диктатом группы либералов Чубайса и олигархов. Но конформизм лидеров этого блока и нежелание делать ставку на силовые структуры полностью отдали инициативу в руки либерального Кремля, представители которого еще не до конца пришли в себя к началу избирательного цикла. Поэтому борьба в тот момент велась между конфедералистскими по духу региональными элитами и централистски ориентированными силовыми ведомствами: ФСБ, МВД и, в первую очередь, армией, которая в ходе популярной тогда второй чеченской войны, по сути дела, и привела Путина в Кремль. Однако надежды на Путина и его эволюционную трансформацию в "национальное русло", на разрыв с либералами в экономической и политической деятельности оказались тщетными. Простая и безумная сдача кубинских баз, отказ от поддержки Аджарии и увод "аджарского руководителя", наконец безумные либеральные новые шаги типа борьбы с льготами продемонстрировали, что проглобалистская линия торжествует.