В середине XVI века в Кладрубах-над-Лабой (современная Чехия), принадлежавших роду Пернштейнов, был создан конный завод, разводивший барочных лошадей каретного типа на основе испанских и неаполитанских коней. Кладрубские лошади отличались высокой, эффектной рысью. При императоре Священной Римской империи Максимилиане II (1564–1576) поместье стало собственностью двора, и завод производил лошадей для императорских выездов. Особенно ценились светло-серые шестерики. Во времена Марии-Терезии (1740–1780) и Леопольда II (1790–1792) были в почете вороные лошади, которых предпочитало духовенство. Впрочем, кладрубы были не только придворными лошадьми — ими улучшали и местных крестьянских лошадей.
В Священной Римской империи, а позднее и в Австро-Венгрии существовал и другой знаменитый завод — в Липице (современная Словения, возле границы с Италией), где разводили верховых лошадей для конюшен эрцгерцога, архиепископа Триестского и королевского двора в Вене, а также для Венской школы верховой езды. Создание завода эрцгерцогом Карлом, сыном императора Фердинанда I, приходится на 1581 год — пик могущества империи. Основой племенного состава завода стали испанские жеребцы и кобылы, местные лошади, а также лошади из долины реки По, неаполитанские, фредериксборгские и кладрубские жеребцы. Липицианские лошади отлично показали себя в кавалерии Евгения Савойского в битвах с турками в 1680-е годы. Лошадей для императорских карет и кавалерии разводили также князья Кински в Богемии.
Заметный след в истории коневодства Европы оставили лошади Мекленбурга. Несколько заводов в этом герцогстве были основаны герцогом Иоганном-Альбрехтом I (1525–1576), который использовал турецких, испанских, итальянских и венгерских жеребцов и местных мекленбургских кобыл. Выведенные им мекленбургские лошади были универсальными и использовались под седлом и в упряжи, причем как в кавалерии, так и в крестьянских хозяйствах. Примечательно, что герой романа А. Дюма «Три мушкетера» Д’Артаньян во Франции ездил верхом на мекленбургском коне.
Еще одна барочная порода — это датские лошади, или, как сейчас называют их прямых потомков, фредериксборгские. Завод, где их вывели, был основан в 1562 году королем Дании Фредериком II (1534–1588) в поместье Хиллерёдсхольм, впоследствии Фредериксборг. При его сыне Кристиане IV (1588–1648) Фредериксборг стал резиденцией датских королей. Завод был укомплектован испанскими, неаполитанскими и восточными лошадьми. Вначале разведение было бессистемным, но при Фредерике III (1648–1670), который хотел иметь роскошные выезды не хуже, чем у других европейских монархов, лошадей стали подбирать по мастям, отметинам и росту.