Оставалась надежда на церковь, которая могла бы стать примирительницей. Софья отправила в Троицу патриарха Иоакима (21 августа), и это было огромной ошибкой. Патриарх всегда благоволил Нарышкиным, и теперь он просто остался с ними, то есть получалось, что от «самодержицы» отвернулась и церковь.
Тогда царевна поехала к мачехе и брату сама – бесстрашно, с небольшой свитой. Софью остановили по дороге и грубо объявили, чтоб поворачивала обратно. Трудно сказать, почему ее тогда же не задержали. Очевидно, не решились – арест правительницы, царской дочери был бы чем-то невообразимым. А может быть, в Троице уже понимали, что дело в любом случае выиграно.
После Софьиного унижения исход из Москвы стал массовым. Бояре, дворяне и стрельцы спешили явиться к царице Наталье и Петру, остановить их было невозможно.
Последний удар по гибнущему режиму нанес заслуженный и уважаемый Гордон, командир войск иноземного строя. Получив приказ царя Петра передислоцироваться в Троицу, Гордон ушел не втихомолку, как другие, а открыто, походной колонной и с развернутым знаменем. Это произошло 5 сентября, а уже назавтра остававшиеся в Москве стрельцы явились в Кремль, чтобы схватить Шакловитого и тем самым заслужить у новой власти себе прощение. Софья храбро пыталась защитить своего соратника, но не смогла.
Василий Голицын отсиживался в своей подмосковной вотчине, но, узнав, что Шакловитый схвачен, поспешил явиться к Троице добровольно.
Царевна осталась в Кремле одна, всеми брошенная, ждать своей участи.
С ее фаворитами поступили по-разному. Шакловитого подвергли пыткам и заставили признаться во всех подлинных и, вероятно, даже вымышленных преступных замыслах, после чего очень быстро, всего через четыре дня, казнили вместе с еще несколькими стрельцами. За Василия Голицына вступился его двоюродный брат Борис Алексеевич, самая влиятельная фигура нового правительства, поэтому бывшего оберегателя пощадили – пожизненно отправили в ссылку. Петр его потом так никогда и не простил.
Свергнутой правительнице обвинений не предъявляли, никаких специальных манифестов издано не было, а просто царь Петр обратился к царю Ивану с официальным письмом, в котором говорилось: «Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте тому зазорному лицу государством владеть мимо нас» – и Софью без лишнего шума отправили в ближний Новодевичий монастырь. Андрей Матвеев (сын Артамона Сергеевича) пишет, что царевна покидала дворец «во многом плаче». После семи лет ослепительного взлета ей предстояло закончить жизнь так же, как множеству «обычных» царевен – в монастырском уединении.