После того как рапорт Кличугина о разворовывании флота лег на стол тогдашнего Главкома ВМФ России, адмирала флота Феликса Громова, на Кличугина возбудили уголовное дело за продажу судна-дока «Анадырь» за 21 285 000 долларов. При этом судно было подготовлено к уводу за рубеж: оно стояло на балансе коммерческой организации, и на нем был спущен андреевский флаг, но Кличугин его выцарапал. Продать судно-док Кличугину поручил Главком ВМФ, цена была согласована, а позже одобрена тем же Феликсом Громовым и бывшим в то время министром обороны Павлом Грачевым.
Сначала военная прокуратура обвинила Кличугина в том, что он продал «Анадырь» по цене ниже балансовой (остаточной) стоимости. В суде выяснилось, что балансовая стоимость составляет чуть больше 13 миллионов долларов США, а Кличугин подписал договор купли-продажи на 21 миллион долларов. Тогда военный суд, взяв на себя функцию прокуратуры, предъявил Кличугину «новое обвинение» в том, что он продал судно-док по цене ниже рыночной, причем рыночную стоимость суд определил сам -26 миллионов. Юристы знают, что суд не вправе менять содержательную часть обвинения, а должен вернуть дело прокурору.
Первоначальная договоренность с норвежской компанией составляла 26 миллионов при условии, что российская сторона приведет судно в мореходное состояние: произведет доковый ремонт, получит разрешение морского регистра и снабдит корабль необходимыми для мореплавания приборами, механизмами и вещами (бинокли, сигнальный пистолет, радиооборудование, гирокомпасы, барометры, анемометры, дальномеры, эхолот, метеостанция, навигационный инструмент, водолазное имущество, аварийно-спасательное имущество, включая огнетушители, пеногенераторы, водоотливные средства и т. д.). Но у флота на ремонт денег не было, поэтому с покупателем была достигнута договоренность о снижении продажной цены на размер стоимости ремонта. Окончательная сумма 21 285 000 долларов поступила в полном объеме на счета ВМФ России.
Уголовное дело в отношении Кличугина уникально уже тем, что на скамье подсудимых оказался контр-адмирал, который за два десятилетия существования российского флота организовал и подписал единственную сделку о продаже судна ВМФ по его реальной стоимости, не положив в карман ни копейки (это подтвердили и прокуратура, и суд). За самую выгодную сделку в современной истории российского ВМФ Кличугин был приговорен к четырем с половиной годам лишения свободы, но сразу был освобожден по амнистии. Апофеозом этого дела стало то, что за якобы причиненный Министерству обороны вред с контр-адмирала в судебном порядке взыскали 136 066 228,30 рубля при пенсии в 9000 рублей в месяц (срок выплаты составит 1259 лет, если у Кличугина будут удерживать всю пенсию).