Штайнер решил для начала создать птицефабрику, чтобы обеспечить мятежников мясом. Но FGA не поддержала его план, однако Штайнер нашел средства для его воплощения. 1 февраля 1970 года птицеферма начала функционировать. Кроме того, Штайнер с помощью местных добровольцев занялся выращиванием помидоров, на вырученные от их продажи на рынке в Уганде деньги закупалось оборудование и потребительские товары. Третьей статьей дохода стало производство кирпичей.
Вскоре Штайнер вернулся к своему привычному ремеслу — военному делу. Руководитель повстанческого движения Анья Нья генерал Эмилио Тафенг назначил его командующим своей армией. Штайнер должен был сформировать и подготовить 8 пехотных, 2 артиллерийских бригады и одну бригаду спецназа, а также тыловые части. На самом деле генерал Тафенг блефовал, дав Штайнеру такие полномочия. надеясь удержать контроль над движением. В итоге у Штайнера оказалось несколько сот бойцов, в основном из племени латука, откуда был сам Тафенг. Штайнер познакомился с соперником Тафенга бывшим капитаном армии Судана молодым и амбициозным лидером Национальной организации Ань Нья Джозефом Лагу. Лагу получал помощь от Израиля, его бойцы были лучше экипированы и подготовлены. Штайнер убедил Тафенга в апреле 1970 года признать главенство Лагу. Это соглашение союзники в июле решили отметить атакой на небольшой гарнизон в Кад-жо-Каджи. Нападение было успешным, 30 солдат правительственных войск были убиты, нападавшие потеряли пять человек.
В октябре 1970 года Штайнер решил, что его миссия в Судане закончена и пора возвращаться в Европу. Однако в Кампале он был арестован по приказу угандийского президента Мильтона Оботе и передан суданским властям. Как объясняет Штайнер, это было сделано в отместку за то, что отказался свидетельствовать в суде, что начальник Генштаба угандийской армии Иди Амин готовил государственный переворот. Как показали дальнейшие события, это было чистой правдой. В январе 1971 года генерал Амин захватил власть.
Уже в самолете суданские солдаты зверски избили полковника Штайнера, изощренные пытки продолжались с перерывами до суда. В августе 1971 года хартумский суд вынес Штайнеру смертный приговор, но президент Нумейри заменил его 20-летним тюремным сроком. Бывший легионер провел в заключении три с половиной года и вышел на свободу после настоятельных требований правительства ФРГ, которое предоставляло Судану серьезную финансовую помощь. Здоровье полковника Штайнера было серьезно подорвано, отказала одна почка, он потерял 30 процентов зрения.