О наличии поблизости от Чемульпо крупных сил японцев Егорьеву стало известно около 17.00 26 января, когда вернулась в порт канлодка «Гиляк», ранее вышедшая в Порт-Артур с дипломатической почтой. Как сообщил ее командир, на подходе к порту он встретил японскую эскадру, охранявшую транспорты, а в 16.00 лодку атаковали торпедами японские миноносцы. Торпеды прошли за кормой, «Гиляк» в ответ произвел несколько выстрелов из малокалиберных орудий, которые также не привели к попаданиям, но спугнули противника и позволили лодке, оторвавшись от преследования, вернуться в Чемульпо. Впрочем, практически сразу после «Гиляка» на рейде появились и японские корабли — «Чиода», «Такачихо» и миноносцы. Вскоре к ним подтянулась и вся японская эскадра…
Японцы, рассчитывая, что русские, не имеющие достоверных сведений о начале войны (в первую очередь в силу приказу Министра связи Японии от 23 января о задержке на 72 часа, а в особых случаях и изъятии отправляемых из Кореи международных телеграмм), не рискнут атаковать их транспорты в нейтральном порту, в 17.30 начали высадку десанта в Чемульпо. Что ж… В полной мере их ожидания могли бы реализоваться, будь на месте командира «Авроры» менее пассионарный по складу характера командир. Но Егорьев был из людей другой породы, и его стараниями далеко не все у японцев прошло так, как ими планировалось.
Сразу по прибытии эскадры Уриу в Чемульпо Евгений Романович в очередной раз запросил Павлова о возможных инструкциях для его кораблей «ввиду явно недружественного поведения кораблей японского флота в нейтральном порту» (имелись в виду японские миноносцы с расчехленными орудиями и минными аппаратами, ставшие между русскими кораблями и местом высадки японцев на берег). Но посланник, все еще не осведомленный об официальном разрыве Японией отношений с Россией, медлил, не желая давать разрешения на любые действия «Авроры» и «Гиляка», могущие стать поводом для обвинений России в развязывании конфликта.
Тем не менее, достаточно реалистичная оценка командиром «Авроры» происходящего в Чемульпо как последних приготовлений к нападению стала поводом для проведения Егорьевым в ночь с 26 на 27 января совещания с командиром «Гиляка» Беляевым, на котором было приказано готовить корабли к бою. На канонерке и крейсере выбрасывали за борт лишнее дерево (причем часть деревянной утвари вылавливали из воды самые предприимчивые местные жители), передавали на «Сунгари» большую часть шлюпок, которые в бою, скорее всего, были бы без всякой пользы уничтожены, разворачивали лазареты и перевязочные пункты, устраивали местную защиту наиболее важных частей от осколков из сетей заграждения, стальных тросов, брезента, коек и мешков с песком, разводили пары во всех котлах, проверяли и перепроверяли орудия, минные аппараты и боевые припасы к ним. На «Гиляке», помимо того, сняли стеньги всех мачт для затруднения определения противником дистанции до лодки. Командиру парохода «Сунгари» после получения на то разрешения от агента КВЖД было велено подготовить свое судно к затоплению в случае угрозы захвата японцами, для чего на него был переправлен с грузом взрывчатки отряд моряков, прежде охранявший русскую дипломатическую миссию.