Родился Джон Максвелл Кутзее 9 февраля 1940 г. в Кейптауне. Его отец — юрист по профессии, мать — школьная учительница. Родители Кутзее — африканеры (потомки голландских переселенцев в Южной Африке), буры (голл. Boer — крестьянин) по крови, но в семье всегда говорили на английском и придерживались свободных взглядов.
В 1961 г. Кутзее закончил Кейптаунский университет, получив два диплома по специальностям «Английский язык» и «Математика». Затем переехал в Лондон и работал программистом в филиале IBM. Каждодневная рутинная работа программиста, как отметил Кутзее во втором автобиографическом романе «Молодость», ему надоела, и он сделал выбор в пользу свободного творчества. В 1963 г. Кутзее, защитив диссертацию по творчеству английского романиста Форда Мэдокса Форда (Ford MadoX Ford), получил степень магистра в университете Кейптауна. В 1965 г. Кутзее переезжает в США, где получает степень доктора филологических наук, защитив в Техасском университете диссертацию, посвященную компьютерному стилистическому анализу работ ирландского писателя, поэта и драматурга Сэмюэля Беккета. До 1971 г. Кутзее преподает английский язык и литературу в Нью-Йорском, Гарвардском университетах, в университете Джонса Хопкинса, а также университетах Стэнфорда и Чикаго, участвует в работе Комитета по общественной мысли (The Committee on Social Thought), но из-за причастности к протестам против войны во Вьетнаме ему было отказано в получении вида на жительство. Кутзее возвращается в ЮАР и до 2002 г. преподает английскую литературу в Кейптаунском университете. В 2002 г. он получает приглашение на исследовательскую работу в сфере английского языка и литературы в университет Аделаиды и в 2006 г. получает австралийское гражданство.
Следует отметить, что Кутзее с детства много читал и «читал быстро, с полным поглощением». Он прекрасно понимал, что если он хочет стать «большим человеком», ему придется читать много и читать много серьезных книг, и он действительно стал «большим человеком» — об этом свидетельствует не только список наград, премий и известность в литературном мире, но и его общественная деятельность. Во время апартеида Кутзее помогал издаваться многим южноафриканским писателям, выступавшим против режима белого меньшинства, а также просто молодым поэтам и писателям, невзирая на их этническую принадлежность. Он также является одним из организаторов фонда Oak Tree Fine Press, который выпускает серию лимитированных изданий с подписями литературных знаменитостей, средства от продаж которой идут в фонд помощи детям, пострадавшим от ВИЧ.