Согласно пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ суммы НДС, принятые к вычету по указанным товарам, при переходе на УСНО необходимо восстановить.
Если вы не заявляли к вычету НДС по товарам, приобретенным до перехода на УСНО, то и восстанавливать его не нужно (Письмо Минфина России от 16.02.2012 № 03-07-11/47). Справедливость такой позиции подтверждают и суды (см., например, Постановление ФАС Центрального округа от 25.05.2011 №А54-3447/2010-С2). Так, не подлежит восстановлению НДС по основным средствам, которые использовались в деятельности, не облагаемой НДС (см., например, Письмо УФНС России по г. Москве от 26.11.2009 № 16–15/124316). А финансовое ведомство отмечает, что нет оснований для восстановления налога и в том случае, если товары (работы, услуги) вы приобретали без «входного» НДС (Письмо Минфина России от 14.03.2011 № 03-07-11/50).
По общему правилу налог восстанавливается в той же сумме, в которой он был принят к вычету (абз. 2 пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ). Единственное исключение сделано для основных средств и НМА. По ним налог восстанавливается в части, пропорциональной их остаточной (балансовой) стоимости без учета переоценки.
Восстанавливать НДС вы будете в налоговом периоде, предшествующем переходу на «упрощенку» (абз. 5 пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ). Напомним, что налоговым периодом по НДС является квартал (ст. 163 НК РФ).
Учесть восстановленный НДС вы сможете при исчислении налога на прибыль в составе прочих расходов согласно ст. 264 НК РФ (абз. 3 пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ). На это указывают и контролирующие органы (см., например, Письма Минфина России от 01.04.2010 № 03-03-06/1/205, от 27.01.2010 № 03-07-14/03, от 07.12.2007 № 03-07-11/617, УФНС России по г. Москве от 24.12.2009 № 16–15/136335).
Собираясь перейти с общей системы налогообложения на упрощенную, вы должны внимательно отнестись к тем договорам, по которым получаете предоплату в период применения ОСН, а исполнять обязательства будете, уже работая на «упрощенке».
В IV квартале года, предшествующего месяцу перехода на УСНО, вы можете принять к вычету суммы налога, которые вы уплатили в бюджет с полученных авансов (п. 5 ст. 346.25, ст. 163 НК РФ). Для этого у вас должны быть документы, подтверждающие возврат вами сумм НДС контрагентам (покупателям, заказчикам и т. д.).
Чтобы реализовать на практике правило, закрепленное в п. 5 ст. 346.25 НК РФ, вы можете, к примеру, заключить с контрагентом соглашение об изменении цены договора, в котором будет предусмотрено уменьшение стоимости товаров (работ, услуг) на сумму НДС. В этом случае эту же сумму НДС вам следует перечислить контрагенту по договору.