Тень этих арестов тут же пала на секретаря ЦК ВКП(б) Г.М. Маленкова, который со времен войны курировал работу всей авиапромышленности страны, и главкома сухопутных войск, заместителя министра вооруженных сил СССР маршала Г.К. Жукова, на которого маршал авиации А.А. Новиков дал показания о подготовке им военного переворота. Одновременно были арестованы несколько десятков генералов и офицеров Группы советских войск в Германии, в том числе близкие к Г.К. Жукову генерал-лейтенанты К.Ф. Телегин и В.В. Крюков, вполне правомерно обвиненные в нецелевой растрате армейских фондов и вывозе с оккупированных территорий огромного количества дорогой старинной мебели, картин, гобеленов, столового серебра и драгоценностей.
В начале июня 1946 г. состоялся разбор «дела Жукова» на заседании Высшего военного совета, в котором приняли участие все члены Политбюро и высший генералитет страны. Обвинения против главкома сухопутных войск поддержали многие члены Политбюро, в том числе В.М. Молотов, Г.М. Маленков и А.А. Жданов. Однако ряд видных советских полководцев, в том числе маршалы И.С. Конев, A.М. Василевский, К.К. Рокоссовский и П.С. Рыбалко, отметив личные недостатки Г.К. Жукова и крупные ошибки в его работе, твердо заявили, что он является настоящим патриотом страны и не может быть организатором военного заговора.
Тем не менее, по итогам заседания Г.К. Жуков, вполне правомерно обвиненный в потере скромности, моральном разложении и непомерных амбициях, был снят со своих постов и назначен командующим Одесским военным округом. На этом злоключения маршала не закончились. Вскоре Министерство госбезопасности СССР, которое в мае 1946 г. возглавил его давний антагонист генерал-полковник B.С. Абакумов, стало расследовать новые дела, связанные с работой маршала в Германии.
По мнению ряда историков (Р. Пихоя, А. Исаев), вся организационная работа по этим делам проводилась под непосредственным руководством нового секретаря ЦК, куратора МГБ СССР А.А. Кузнецова и председателя Комиссии партийного контроля при ЦК ВКП(б) М.Ф. Шкирятова.
Ряд современных авторов (А. Пыжиков, А. Данилов) пытаются связать гонения на Г.К. Жукова с общей борьбой за власть, и в частности, ударом по позициям Г.М. Маленкова, который в годы войны был наиболее близок с опальным маршалом. Другие авторы (А. Вдовин, Р. Пихоя, А. Безбородов) полагают, что опала Г.К. Жукова была связана с горячим желанием вождя поставить на место зарвавшийся генералитет, который, пребывая в ореоле спасителей Отечества, мог составить реальную угрозу его единовластию. Наконец, третья группа авторов (Ю. Жуков) резонно полагает, что опала Г.К. Жукова носила вполне оправданный характер и имела своей целью воспитательное воздействие на слишком амбициозного маршала, который возомнил себя единственным спасителем Отечества и стал банальным барахольщиком, вывезя с территории Германии огромное количество дорогой мебели, ковров, картин, мехов, столового серебра и т.д.