Раненого приходилось удерживать силой. Для этого врач использовал нескольких помощников – желательно тех, кто посильнее. Уложив раненого на операционный стол (зачастую представлявший собой широкую доску, установленную на двух сундуках и покрытую большим куском холста), помощники занимали свои места и старались встать поустойчивее. Один из них держал раненого за туловище, другие удерживали его целые конечности, и еще один удерживал его поврежденную конечность, которую зачастую располагали на самом краю операционного стола, чтобы хирургу было удобнее делать свою работу.
До сего момента врач старался ни в коем случае не показывать раненому хирургические инструменты: иногда один уже только вид медицинской пилы или кривого ножа мог вызвать у бедняги больше страха, чем сама операция как таковая. Только после того, как раненого крепко схватили помощники врача, тот доставал свои инструменты. Они включали в себя ампутационный нож, медицинскую пилу, хирургические щипцы, иглы, бинт и инструменты для прижигания. Их старались содержать в чистоте (насколько это было возможно в те времена), зачастую применяя для этого смесь уксуса и воды.
Многие хирурги предпочитали отрезать и немного здоровой плоти, чтобы обеспечить гарантированное удаление поврежденной плоти и кости, но при этом стараясь не отрезать от конечности раненого больше, чем это было необходимо. Выбрав надлежащее место, врач стягивал конечность неким подобием кровоостанавливающего жгута (зачастую представлявшим собой полосу материи, вырванную из одежды раненого), а затем становился так, чтобы можно было компенсировать качку корабля. Каждый врач надеялся, что ему удастся провести операцию быстро и эффективно, но ему могло помешать волнение моря.
Врач сначала пускал в ход свой нож, делая круговой надрез до самой кости вокруг всей конечности – так, чтобы затем было удобнее пилить кость. Если имелась такая возможность, он делал это всего лишь двумя движениями – одно сверху, другое снизу. Вся данная процедура, если выполнять ее умело, могла занять одну-две минуты. Тем не менее раненый испытывал при этом мучительную боль. Некоторые из раненых даже теряли сознание.
Заменив нож на пилу, врач приступал к перепиливанию кости. Сделав сначала несколько медленных и осторожных движений, чтобы зубья пилы проделали для себя борозду в каком-то одном месте, он затем переходил к длинным и сильным движениям, стараясь как можно быстрее и аккуратнее перепилить кость. Почти перепилив ее, он снова начинал двигать пилой медленно и осторожно, чтобы кость не треснула и не образовалось острых выступов.