Лето 1949 года Карлтон проводит в университете в Мадисоне, работая над докторской диссертацией. Так был сделан шаг, повлёкший в конечном счёте драматические перемены в его жизни и жизни всей семьи. В диссертации, которую он защитил в 1951 году, давался анализ борьбы за независимость Бирмы от Великобритании. Понимание Карлтоном бирманской политики произвело на его научного руководителя Пола Нэпланда впечатление столь сильное, что тот отравил потихоньку экземпляр диссертации своему приятелю из ЦРУ. Бирма тогда очень интересовала Управление. Оно развернуло там секретную операцию, которая в конечном счёте потерпела полный провал. Операция «Пайпер» была начата в 1949 году, вскоре после того, как Мао Цзэдун вышвырнул из Китая националистических сторонников Чан Кайши, что означало конец кровавой гражданской войны. Основная часть отрядов Чан Кайши скрылась на Тайване, но 50 тысяч его солдат бежали через границу Китая в Бирму. Там среди горных отрогов дальнего бирманского севера они нашли своё пристанище. Этими войсками командовал генерал Ли ми, и ЦРУ немедленно организовало снабжение его деньгами, снаряжением, оружием, рассчитывая повернуть генерала против Китая, чтобы сбросить Мао. Между 1949 и 1951 годами отряды Ли Ми дважды вторгались в Китай, но коммунисты были им не по зубам. В декабре 1951 года Китай обвинил Соединённые Штаты в том, что они пытаются свергнуть китайское правительство. Тайно поддерживая войска генерала, государственный секретарь США Дин Ачесон темпераментно опроверг обвинение, но несколькими днями позже газета «Нью-Йорк таймс» опубликовала доказательства того, что генерал Ми находится на содержании ЦРУ. Ачесону пришлось взять назад своё опровержение, что вызвало замешательство в Белом доме. ЦРУ приказали прекратить финансирование секретной войны. Заволновалось бирманское правительство. Премьер-министр У Ну, опасаясь, как бы Китай не воспользовался разоблачениями в качестве предлога для вторжения, объявил о запрете на все виды американской помощи Бирме. Как только ЦРУ прекратило поддерживать генерала, он тут же отказался от планов возвращения в Китай. Взамен он использовал свои войска, чтобы установить контроль над весьма прибыльной контрабандой героина в регионе. Так с помощью полученного от ЦРУ оружия генерал в одночасье стал одним из самых опасных наркобаронов Юго-Восточной Азии.
В начале 1952 года на территории колледжа в Ривер Фоллз появился неизвестный, который спрашивал Карлтона. Он прибыл с предложением. Хотя американская помощь оставалась в Бирме под запретом, ее правительство не препятствовало учёным приезжать для исследовательской работы. Незнакомец посоветовал Карлтону взять в колледже академический отпуск, а ЦРУ посодействует ему с получением гранта от частного Катервудского фонда для научной работы в Бирме. Для посторонних Карлтон будет заниматься написанием учебника для колледжа, что было бы логичным развитием темы его докторской диссертации. На самом деле ему предстоит работа в качестве сотрудника ЦРУ. Управление передаст ему имена бирманских политических деятелей и военных, в контакте с которыми заинтересовано ЦРУ. На него также будет возложена задача передачи денег издателям в Рангуне, чьи газеты ЦРУ секретно финансирует.