Кроме того, органы безопасности не входили в организационную структуру партийного аппарата, они работали по директивам правящей партии и под ее контролем, к тому же в Советском государстве не было ни одной структуры, которая не была бы создана без участия РКП(б). Безусловно, органы безопасности были частью системы государственной власти и государственного управления. Но особой ее частью. Именно «от полноты, интенсивности и своевременности мероприятий, принимаемых ВЧК, зависит, быть может, самое бытие Советской республики»[86]. Дзержинский указывал на необходимость тесной связи в работе чекистов с Советами и различными наркоматами и другими ведомствами: «У нас должна быть ставка на местную власть».[87] Он писал, что сотрудники органов ВЧК-ОГПУ не должны подчеркивать «прав и власти ЧК», держаться скромнее, работать под руководством губисполкомов и губкомов, «у которых вся полнота власти, а не в губчека»[88]. Более того, Дзержинский считал «вообще опасным, если губчека или ос[обые] отделы будут думать, что они только соль земли…Чека и ос[обые] от[делы] должны объективно сыграть громадную роль в борьбе с неурядицами. Но это возможно только тогда, если субъективно и даже формально (в правовом отношении) мы будем только слугами (а не спасителями) других ведомств. А от политики (спецы-антиспецы, верхи-низы и т. д.) мы должны бежать».[89] Он писал, что органы ВЧК «никогда еще не нарушали партийных директив и линии, а всегда были и есть слуга партии и борец партии» [90]; «ЧК должна быть органом Центрального Комитета, иначе она вредна, тогда она выродится в охранку или в орган контрреволюции».[91].
Руководитель ведомства безопасности внушал своим подчиненным необходимость слаженной работы с партийными комитетами. 4 апреля 1921 г. Ф.Э.Дзержинский и В.М. Молотов подписали циркулярное письмо, в котором указывалось: «Председатель и члены коллегий ЧК со своей сторон должны держать губкомы в полном курсе своей работы, делать им периодически доклады, информировать о получаемых заданиях из ВЧК, строго согласовать свою работу с, директивами ЦК РКП, получаемыми губкомами, кои информируют о таковых председателей губчека.
Губкомы и губчека должны составлять одно целое в деле своевременного предупреждения и пресечения контрреволюционных выступлении в обслуживаемом ими районе. Только при такой тесной связи как между собой, так равно и с центром можно будет считать успех обеспеченным.
ЦК РКП и ВЧК предлагают немедленно после получения этого письма приступить к проведению в жизнь намеченных в нем мер и обо всем, что будет предпринято губкомами губчека в этом направлении, ставить в известность ЦК и ВЧК»