Во второй половине января 1919 г. В. И. Ленин не поддержал Н.В. Крыленко, посоветовав удовлетворить просьбу Ф.Э. Дзержинского. — «Он формально прав, а Крыленко суетится зря — мое таково впечатление». Это было ответом на письмо Крыленко, в котором сообщалось, что Дзержинский потребовал заставить уголовный розыск выдать ЧК дело — карточки бандитов. Он выполнил эту просьбу, но Н.В. Крыленко и К.А. Розмирович утверждали, что это помешает расследованию. Видимо, речь шла об учетных карточках на членов крупных бандитских шаек Я. Кошелкова, Н. Сафонова, Г. Плещинского, орудовавших в Москве и Московской губернии[148].
29 января 1919 г. началась новая дискуссия о ВЧК. Вопрос стоял о самом ее существовании. 20 января были ликвидированы уездные ЧК. Некоторые советские работники считали, что наиболее тяжелый период Гражданской войны прошел, контрреволюция разбита наголову, политические преступления становятся редким исключением.
Руководители НКЮ разработали проект реорганизации ВЧК и ревтрибуналов, который предусматривал изъятие у ВЧК права на внесудебное разрешение дел и сохранение их лишь как органов розыска и пресечения. Согласно проекту органы ВЧК должна быть подчинена ревтрибуналам и работать под их контролем.
Против ликвидации ЧК решительно возражали Дзержинский, Я.Х. Петерс и ряд других советских и партийных работников. 30 января Дзержинский выступил с докладом на Московской общегородской конференции РКП (б). Итоги дискуссии были подведены 4 февраля 1919 г. на заседании ЦК РКП (б) при обсуждении вопроса «Чрезвычайные комиссии».
Было решено поручить комиссию в составе Ф.Э.Дзержинского, И.В.Стапина и Л.Б.Каменева разработать положение о ЧК и ревтрибуналах, руководствуясь следующим: 1) право вынесения приговоров должно быть передано из ЧК в ревтрибуналы, причем ревтрибуналы должны состоять из 3 человек; 2) аппарат ЧК должен остаться в качестве, во-первых, розыскных органов и, во-вторых, органов непосредственной борьбы с вооруженными выступлениями (бандитскими, контрреволюционными и т. п.); 3) за ЧК сохраняется право расстрелов при военном положении (если это право предусмотрено самими постановлениями об объявлении той или иной местности на военном положении); 4) работа комиссии должна закончиться в кратчайший срок[149].
Комиссия в составе Дзержинского, Сталина и Каменева в течение двух недель закончила работу над проектом положения о чрезвычайных органах и ревтрибуналах, и 17 февраля 1919 г. председатель ВЧК от имени фракции большевиков выступил на 8-м заседании ВЦИК с мотивированными предложениями от фракции коммунистов о порядке реорганизации ВЧК и ревтрибуналов.