Для департамента настали трудные времена. Лопухин и его шеф стали тасовать кадры, приводить новых людей. В фавор вдруг попал знаменитый Зубатов, человек выдающийся, но тоже утопист. Сергей Васильевич начинал как революционер, но после ареста он одумался и разочаровался в противоправной деятельности. Вплоть до того, что добровольно поступил на службу в Московское охранное отделение. Человек аналитического склада ума, знающий революцию изнутри, Зубатов быстро вырос в главную фигуру политического сыска. Он поставил Московское отделение на недосягаемую высоту: завел образцовую агентуру, научил жандармских офицеров тонкостям дознания, выстроил легендарную филерскую службу. Зубатов стал создателем новой школы сыска, его успехи были очевидны. Но он увлекся большой политикой. А именно, придумал ко всему прочему еще и «полицейский социализм». Охранник решил, что нужно убрать средостение между царем и его подданными, конкретно рабочими. Фабриканты-кровопийцы душат рабочих невыносимыми условиями труда да и платят мало. Те недовольны, чем пользуются революционеры. А вот если власть в лице полицейского ведомства поможет пролетариям защитить свои права, то наступит идиллия. Рабочие найдут заступничество у царевых слуг, еще больше возлюбят государя, и почва для революций исчезнет. Надо лишь возглавить рабочее движение и направить его в нужное русло.
Эта наивная идея, как ни странно, пришлась по душе высокому покровителю Зубатова, великому князю Сергею Александровичу. Генерал-губернатор Москвы и дядя царя, он был очень влиятельным человеком. И убедил племянника дать ход реформе. Появились рабочие союзы, тут же вступившие в пререкания с работодателями. Ссылались они при этом на обер-полицмейстера! «Полицейский социализм», как ядовито назвали его оппоненты, начал шагать по стране. Промышленники недоумевали: что это власть так рьяно занялась сословием, составляющим один процент от населения страны? Вон крестьян восемьдесят процентов, погибают в бесправии, и никому дела нету… И в это время Плеве назначил Зубатова начальником Особого отдела Департамента полиции.
Созданный в 1898 году, этот отдел быстро сделался главным в департаменте. Он объединил все делопроизводства, занимавшиеся политическим сыском. Ему же подчинялись охранные отделения, которых на тот момент было лишь три: Петербургское, Московское и Варшавское. (Зубатов тут же затеял создание еще четырнадцати.) Также Особый отдел забрал себе Заграничную агентуру, которой много лет безнадзорно руководил знаменитый Рачковский. Сразу возникли недоразумения. Плеве продолжил чистку рядов, и вместо Рачковского в Париж отправился Ратаев. Он создал и возглавил Особый отдел четыре года назад. Теперь Зубатов привел туда много своих людей из Москвы, которые все переменили. При полном согласии Лопухина… Старые чиновники, помнившие еще времена Третьего отделения, вылетели на пенсию. Впервые в штате департамента появились жандармские офицеры.