Важно также отметить, что в настоящий момент анализировать белки существенно труднее, чем гены. Если процесс севенирования ДНК уже автоматизирован так, что «с ней справилась бы любая обезьяна», как едко заметил нобелевский лауреат Джеймс Уотсон, то методы анализа белков оказались гораздо более сложными. В далеком 1962 г. вместе с Уотсоном и Криком в Стокгольм были приглашены из Кембриджа Джон Кэндрью и Макс Перутц. Они были тогда удостоены Нобелевской премии по химии за впервые осуществленную расшифровку трехмерной структуры двух белков — миоглобина и гемоглобина, — ответственных за перенос кислорода в мышцах и эритроцитах соответственно. Даже в начале 1990-х годов расшифровка структуры каждого нового белка представляла значительные трудности. Каждый анализ занимал порой до десятка лет. Сейчас методы анализа белков значительно усовершенствованы. Однако все еще перспективы создания «каталога протеинов» намного более отдаленны, чем перспективы создания упомянутых выше каталогов генов, снипсов или вариаций метилирования ДНК.
Хотя и от самого по себе синтеза белка еще далеко до создания целого организма, но без белков этот процесс никогда не пойдет. Белки не только составляют большую часть клетки как структурные элементы, они осуществляют также постоянный тонкий контроль за всеми химическими процессами, происходящими внутри клетки, избирательно включая и выключая их в строго определенные сроки и в строго определенных местах. Это теперь понятно. Но не понятно до конца другое: как именно происходит в конечном итоге развитие целого организма из одной единственной клетки — зиготы. Белки, конечно же, активно участвуют в этом процессе как основные компоненты.
Работа белков, как и работа генов, тоже зависит от многих факторов, прежде всего влияющих на их пространственную структуру. Более того, многие белки со временем могут меняться (модифицироваться), и здесь уже гены не оказывают никакого влияния. Происходит это путем присоединения к белковым молекулам особых побочных групп — фосфатидов, сахаридов или ненасыщенных углеродных цепочек. Все эти события — как и образование пространственной структуры белка — никак не отмечены в генах. Гены содержат лишь общий план активной жизни клеток, а сама жизнь определяется в конечном итоге белками.
Гены во всех клетках всегда одни и те же, но вот белки, наоборот, постоянно меняются в зависимости от стадии развития клетки, возраста организма, состояния клетки и множества других обстоятельств. Иными словами, как пишет акад. Л. Л. Киселев, «протеом — понятие динамическое, а геном, напротив, статическое».