Белки позволяют себе импровизацию типа джазовой, т. е. коллективной, когда вместо одних белков их функцию выполняют другие. Это очень важно, поскольку все ситуации, с которыми сталкивается организм в процессе своей жизни, заранее предусмотреть нельзя. Известно и другое — один и тот же белок может иметь отличающийся эффект в разных типах клеток и на разных стадиях развития. Все это имеет аналогии с обычным литературным текстом. В лингвистике для описания подобных случаев имееются специальные термины. Так, термин синонимия обозначает предложения, несущие один слысл, но состоящие из разных слов (например, «Мамонтов погубило внезапное похолодание» и «Резкое понижение температуры на планете привело к гибели мамонтов»). Под термином омонимия подразумевают смысловое различие внешне совпадающих предложений (например, предложение «Мы проехали остановку» может обозначать две разные ситуации: мы проехали расстояние, равное перегону между двумя остановками, или мы миновали то место, где должны были выйти).
Одна из важнейших целей, стоящих перед учеными, занятыми анализом протеома, заключается в поиске характерных изменений в белках, присущих различным видам заболеваний. Действительно, нередко удается проследить взаимосвязь между изменениями белков и разными болезненными состояниями. Секвенирование генома человека дало в руки исследователей важную информацию для борьбы с наследственными недугами. Однако не все болезни передаются нам по наследству. Многие никак не связаны с «родовым проклятием». Выявить эти болезни можно, лишь узнав, как изменился состав белков внутри патологической клетки. По этой перемене можно заранее заметить и патологические процессы, начавшиеся в организме.
Чтобы увидеть белковый состав клетки, ученые прибегают к так называемому двумерному электрофорезу. Сначала белки сортируют по их заряду, а затем они попадают в гель, выполняющий роль сита, в котором белки разделяют по их размерам. Таким образом, удается разделить до десяти тысяч белков и маркировать их. На этой основе можно составить что-то вроде паспорта данной клетки, где примерно указан состав белков. Если человек заболевает, «паспорт» изменится. Сравнивая наборы белков больной и здоровой клеток, удается оценить течение болезни и процессы, ей сопутствующие. Все это позволяет значительно ускорить поиск белков-мишеней и осуществлять разработку лекарственных средств, чтобы как можно быстрее обеспечить больных новыми эффективными лекарствами. Сегодня более 95 % всех фармакологических средств на рынке нацелены на воздействие на белки-мишени. Протеомика порой может помочь идентифицировать и оценить новые целевые белки гораздо эффективнее, чем геномика. Это позволяет резко ускорить разработку новых диагностик и терапевтических средств.