Противопоставление методов имело место в недавнем прошлом в биологии, когда отдельные агробиологи, всемерно подчеркивая специфичность историко-биологического метода, считали его едва ли не единственным, способным доставлять достоверную информацию о специфике биологического объекта; при этом игнорировалось значение методов физики, химии, математики, моделирования в раскрытии сущности процессов жизни. Специалисты-философы отмечают, что наряду с этим есть другая крайность абсолютизация познавательных возможностей физических и химических методов, особенно в связи с переходом биологии на молекулярный уровень, где действительно трудно уловить отличие живого от неживого. Молекулярная биология широко использует методы органической химии, молекулярной физики, физической химии полимерных соединений, рентгеноструктурного анализа, кибернетики и т.п. Столь широкое объединение многих небиологических и биологических научных дисциплин и их методов на одном участке общего фронта биологического познания оказалось необычайно эффективным; однако здесь отчетливо вырисовываются не только новые возможности научного познания, но и реальная опасность механистического переупрошения биологических проблем, утраты качественной специфики жизни в исследованиях на этом структурном уровне; иначе говоря, перед современным биологическим исследованием, может быть, с большей, чем когда-либо ранее, силой встает вопрос о пределах "сводимости" живых систем и, следовательно, эффективности новых, развивающихся методов. Опасность "механистического переупрощения" подстерегает не только в области молекулярной биологии, генетики, эволюционной теории, но и в других областях.
Стоит также проблема исторической, генетической взаимосвязи "старых" и "новых" методов, соответствия "классики" и "современности", разработки принципа соответствия в отношении методов частно-научного исследования. Необходимо исследовать, в какой мере этот принцип применим к данному случаю, в какой конкретной форме он проявляется в естествознании в целом и по отдельным широким отраслям знания. Эта задача может стать одной из главных проблем, разрабатываемых всеобщей и отраслевой методологиями. Свой вклад в ее решение должна внести и философская методология.
В структурно-логическом плане координация (и субординация) методов научного познания также базируется на философских принципах. Среди них важнейшее место занимают принцип взаимной дополнительности и принцип доминирования. Первый из них представляет собой модификацию философского принципа всеобщей связи и всесторонности рассмотрения, второй конкретности истины.