Любой метод науки имеет свои теоретико-познавательные и логические возможности, за пределами которых его эффективность снижается или элиминируется вовсе. Вследствие этого для изучения сколько-нибудь сложных объектов требуются комплексы методов, способные компенсировать неполноту познавательных возможностей отдельных методов. Взаимная дополнительность становится, таким образом, главным условием, позволяющим избежать односторонности при выборе методов и их оперировании. Такого рода комплексирование неизбежно не только на уровне отдельной научной дисциплины, но и при решении многих проблем внутри той или иной области познания. При этом получение одинаковой информации из разных источников, т.е. в ходе применения разных методов, не всегда будет расцениваться как ненужное дублирование, ставящее под сомнение целесообразность использования методов-дублеров. Сказанное не означает также, что исследователь должен стремиться к привлечению максимального количества методов независимо от эффективности уже имеющихся в науке. В этом случае может сложиться методологический релятивизм. В определенных ситуациях бывает достаточно одного метода. И не всякий старый метод, каким бы авторитетом он ни был освящен, следует сохранять, если его "разрешающая способность" оказалась менее высокой в сравнении с недавно разработанным методом. Состав того или иного комплекса методов определяется по объективному критерию: сколь эффективно при этом решается конкретная познавательная задача. Принцип доминирования устанавливает неравнозначность методов в решении проблем и целесообразность их подчинения главному, ведущему в данной системе (или нескольким основным методам). Он нацеливает исследователя на то, чтобы внутри каждого комплекса методов была установлена субординация с ведущей ролью одного или нескольких из них, позволяющая максимально точно и полно познать объект в его целостности и специфичности.
Всеобщая философская методология по отношению к частным методам служит обоснованием не только двух названных принципов, но и других, устанавливает логическую связь между отдельными группами методов. Применяя их, ученый имеет возможность скоординировать между собой те или иные уже имеющиеся методы, избежать односторонности в их оценке, использовании и выявить недостающие звенья исследования. Так, опираясь на принцип движения познания от явления к сущности (от живого созерцания к абстрактному мышлению, а в рамках абстрактного мышления - от эмпирического к теоретическому), некоторые ученые обнаруживают, что на современном этапе развития биологической науки существует недооценка теоретико-познавательных возможностей методов, знаменующих начало перехода от эмпирического уровня исследования к теоретическому (методы идеализации, формализации, аксиоматизации и др.). На основе принципа единства качества и количества и анализа под этим углом зрения ныне действующих в биологии методов делаются выводы о необходимости более широкого использования математического подхода в целях качественного анализа, в связи с чем ставится в порядок дня вопрос о "биоматематических" методах, т. е. о специальной разработке отдельных его видов применительно к биологическим объектам.