Каждая дивизия шла по-эшелонно с разведкой из пятисот казаков. В начале дивизии шло подразделение австрийских пионеров, исправлявших дорогу.
12 сентября к русским основным силам присоединился австрийский отряд под командованием полковника Штрауха, который был распределен по русским колоннам. На южных подступах к перевалу Сен-Готард занимал оборону один французский батальон под командованием бригадного шефа Леблона.
13 сентября русская армия открыла огонь по Айроло. Французы стали отступать к перевалу. Они отбили две атаки союзников, но во время третьей атаки отряд генерала Багратиона вышел в тыл французской позиции и стремительной штыковой атакой опрокинул противостоящего противника, обратив его в паническое бегство. Таким образом, русские войска ворвались в Госпенталь, где и были вынуждены остановиться по причине сильной усталости солдат. Подумать только, войска в течении двенадцати часов, не прекращая битвы, поднимались на перевал по незнакомой горной местности!
В то же время корпус Розенберга, оторвавшийся от основных сил, атаковал у Обер-Альпа французское прикрытие из состава бригады Луазона и нанес им тяжелое поражение. Несмотря на это, в руках противника оставалась укрепленная позиция у Чертова моста, обороняемая отрядом под командованием бригадного шефа Дама. Эта позиция находилась в горном ущелье Шеленен, ограниченная с одной стороной рекой Рейссой, а с другой – скалами. К Чертову мосту вела узкая серпантинная дорога через тоннель Урнерлох. Французы поставили пушку и две роты пехоты у выхода из ущелья, а также установили пушки под прикрытием стрелков сверху.
14 сентября, объединившись с корпусом Розенберга, Суворов двинулся на штурм Чертова моста. Первую лобовую атаку французы отразили. Однако исход битвы был решен обходом по горам с последующим выходом в тыл к противнику. Не выдержав штыковой атаки, французы бежали. В боях за Сен-Готард и Чертов мост русские войска потеряли около пятисот человек убитыми, ранеными и пропавшими без вести. Потери неприятеля составили примерно восемьсот человек. Путь к Альтдорфу был открыт.
Прибыв 15 сентября в Альтдорф, Суворов с удивлением узнал об отсутствии дороги вдоль Люцернского озера, переправиться через которое ввиду отсутствия переправочных средств абсолютно не представлялось возможным. Все исправные суда были захвачены французами и угнаны. План соединения с Римским-Корсаковым и Хотце оказался под угрозой срыва. Пройти к Швицу можно было только по горным тропам через хребет Росток в Муотенскую долину.
Этот тяжелый восемнадцативерстный путь до Муотенской долины русские войска преодолели за двое суток. Именно здесь Суворов узнал о том, что 15 сентября под Цюрихом был разбит Римский-Корсаков. Таким образом, армия Суворова оказалась окружена втрое превосходящими силами противника, без необходимого количества продовольствия и с ограниченным количеством боеприпасов. Положение войск Суворова казалось безнадежным.