Довгия обвинили в получении взятки в 750 тысяч долларов от предпринимателя, в отношении которого ГСУ расследовало уголовное дело. Посредником в сделке, по мнению следствия, выступал бывший начальник отдела следственного управления Главной военной прокуратуры РФ Андрей Сагура. Суд признал Довгия и Сагуру виновными и приговорил их к девяти и восьми годам лишения свободы соответственно. В январе-феврале 2015-го Довгий и Сагура освободились условно-досрочно.
Меньше чем за год расследования этого дела Денис Никандров стал старшим следователем по особо важным делам.
В 2011-м Никандров возглавил следственную группу по делу о нелегальном игорном бизнесе в Подмосковье. По версии следствия, сеть казино «крышевали» сотрудники местного ГУВД и областной прокуратуры. Через два месяца после начала расследования указом Президента РФ Дмитрия Медведева Никандров был назначен старшим следователем по особо важным делам при председателе Следственного комитета РФ, а в следующем году получил звание генерал-майора юстиции.
Генпрокуратура, защищавшая своих коллег, несколько раз пыталась отстранить Никандрова от расследования, ссылаясь на процессуальные нарушения; всякий раз СК проводил проверку и не находил нарушений закона. Никандров оставил это дело только весной 2015 года, перейдя из центрального аппарата в Главное следственное управление СК по Москве. К тому времени игорное дело практически полностью развалилось, но Никандров отказывался его закрывать.
Во время работы в центральном аппарате СК Никандров вел дело директора бюро по координации борьбы с оргпреступностью на территории государств СНГ Александра Бокова, получившего в 2012-м девять лет лишения свободы за хищение десяти миллионов долларов.
Денис Никандров также занимался расследованием дела о хищениях нескольких миллиардов рублей бюджетных средств под видом возмещения НДС. Приговор по этому делу суд вынес в январе 2016 года: тюремные сроки получили трое исполнителей, организаторы сумели скрыться за границей, а сотрудники налоговой службы из обвиняемых стали свидетелями. Во время расследования Генпрокуратура вновь жаловалась Бастрыкину на Никандрова, который якобы оказывал незаконное давление на фигурантов дела и их родственников. СК провел очередную проверку и решил, что Никандров лишь объяснял обвиняемым и их родственникам «процессуальный статус».
В апреле 2015-го Никандров стал и.о. заместителя руководителя Главного следственного управления СК по Москве. И.о. руководителя ГСУ в феврале того же года стал Александр Дрыманов. Начальник и его заместитель когда-то вместе участвовали во «втором деле „ЮКОСа“»: Дрыманов руководил расследованием, а Никандров работал в составе следственных групп и, по словам бывшего главы МЕНАТЕПа Платона Лебедева, одновременно выступал понятым во время обыска.