Считается, что Борис Годунов родился в 1552 г., в год взятия русскими войсками Казани. Достоверными сведениями о первых годах жизни Бориса мы не располагаем, впервые обнаруживая его имя в документах в 1567 г., когда ему должно было уже исполниться 15 лет. Пятнадцатилетие для юноши из семьи служилых людей было важным жизненным рубежом, своего рода моментом наступления совершеннолетия: именно в этом возрасте недоросль превращался в новика, то есть начинал служить государю. Свою службу Борис начал при дворе Ивана Грозного, чему, надо полагать, был обязан протекции своего дяди, Дмитрия Ивановича Годунова, служившего с 1567 г. во дворце в чине постельничего (должность важная, подразумевавшая полное доверие со стороны царя и возможность доступа в личные покои государя в любое время дня или ночи). При дворе стала жить и сестра Бориса Фёдоровича, Ирина, которой в будущем предстояло стать супругой царевича Фёдора Ивановича, а затем и царицей. Борис и Ирина долго еще будут практически всем обязаны своему дяде, оставшемуся единственным их близким родственником. Их отец, Фёдор Годунов-Кривой, умер около 1568 г.; после 1571 г. исчезают из документов упоминания об их старшем брате, Василии Фёдоровиче. К 1575 г. он уже определенно умер, поскольку грамота о пожертвовании Годуновыми костромскому (Ипатьевскому) монастырю вотчины написана лишь от лица Бориса Фёдоровича Годунова и его матери, Стефаниды Годуновой. Стефанида через несколько лет после этого приняла постриг под именем Сундулея; к 1585 г. в живых не было и ее.
Первое известное нам упоминание о Борисе Годунове в документах датируется 20 сентября 1567 г., когда Иван Грозный с войсками выступил из Москвы к Троице-Сергиеву монастырю, а оттуда в направлении Новгорода, откуда запланировано было вести боевые действия против «государева недруга» – польского короля Сигизмунда II Августа. Вместе с царем в чине стряпчего в походе принял участие пятнадцатилетний Борис Годунов. Из пяти перечисленных в росписи похода стряпчих он записан последним. Чин стряпчего – вполне обычное начало службы для юноши из знатной семьи, каковым и являлся Борис. Из стряпчих прямая дорога лежала в государевы стольники, которые, как и стряпчие, должны были находиться в услужении у государя. Разница между стряпчим и стольником при дворе была скорее возрастная, чем должностная – стряпчими были в большинстве едва начавшие службу молодые новики, в то время как стольники – люди уже более солидного возраста (в силу этого они чаще получали назначения на службу за пределами дворца).