Обычным рядовым летчикам самолет также не понравился. Тенденция к кабрированию из-за реданной компоновки усложняла взлет. Если у опытных испытателей разбег составлял 895-935 м, в зависимости от ветра и скорости самолета, то у строевых пилотов разбег получался не менее 1000 м. Они просто боялись перетянуть ручку, опасаясь выйти на срывной режим и разбиться. Путевая устойчивость, несмотря на увеличение площади киля, была недостаточной. Часто возникали колебания по рысканию. Отсутствие воздушных тормозов для эффективного гашения скорости делало глиссаду очень пологой, что затрудняло расчет при заходе на посадку.
Многочисленные ограничения не способствовали выполнению учебно-боевых задач. Максимальная скорость ограничивалась величиной 0,8М. Стрельба из пушек вообще требовала четкого соблюдения высотно-скоростного режима и почти ювелирной работы РУДом. Это фактически делало невозможной боевую атаку высоколетящего вражеского бомбардировщика, который к тому же еще и будет яростно отстреливаться.
Не радовался и технический состав. Отмечался плохой доступ к агрегатам, особенно топливной и масляной систем. Постоянно текли топливные баки, которые изготавливались из пяти слоев ткани типа плащ-палатка. Течи возникали по местам присоединения топливной арматуры, где ткань усиливалась дополнительными слоями. В ходе эксплуатации тканевые баки приходилось заменять на цельнорезиновые.
Время обычной заправки одного самолета составляло не менее часа! Такой антирекорд получился в результате особенностей конструкции топливной системы. Сначала заполнялись два больших фюзеляжных бака № 1 и № 2, затем техники делали перерыв и ожидали, пока топливо из бака № 1, что ближе к кабине, самотеком попадет в крыльевые баки и металлический бак-отсек под кабиной. Далее им приходилось доливать бак № 1 до нужного объема. Топливомер на большинстве МиГ-9 отсутствовал (его стали устанавливать только в конце серийного производства самолета), и во время заправки техники определяли объем залитого топлива визуально, по уровню керосина в горловинах баков.
Экспериментальный самолет МиГ-9Л
Сверка плана учений. Учебный аэродром Киевского ВАТУ. Киев, 1950 г.
Главный калибр МиГ-9 — 37-мм пушка на земле не пристреливалась. Она закреплялась жестко, параллельно оси самолета, и какие-либо регулировки ее положения были невозможны. 23-мм пушки пристреливались по средней точке нескольких попаданий из 37-мм орудия. Их крепления позволяли отклонять пушки влево-вправо и вверх-вниз на 50 и 40 угловых минут, соответственно. Можно сказать, что у каждого «МиГа» была своя «манера» стрельбы, определяемая орудием главного калибра.