Доступ при обслуживании к 37-мм пушке был очень неудобным. Требовалось снять все патронные ящики, аккумулятор и переднюю бронеплиту. А при демонтировании пушки приходилось попотеть еще больше. Сначала следовало отстыковать все электрожгуты и трубки пневмосистемы. Затем удалить перегородку на пятом шпангоуте, снять обтекатель со ствола, выкрутить и вынуть ствол и только потом поднимать казенную часть пушки краном через верхний люк. Обслуживание НС-23 было проще. Доступ к ним обеспечивался через боковой люк с откидной крышкой. При снятии или установке орудия снимался обтекатель и откидывалась нижняя крышка.
Низкий уровень образования летного и технического состава, который в большинстве своем прошел ускоренные курсы военного времени, затруднял освоение новой техники, а большое число отказов вызывало к ней недоверие. Любопытные сведения приводит в своих исследованиях известный российский историк авиации Евгений Арсеньев, описывая командировки заводских представителей в части для проведения доработок и ремонтов. Так, 9 января 1948 г. командированный во Львов заместитель начальника эксплуатационно-ремонтного отдела завода № 1 Абрамзон обнаружил, что из всех поступивших самолетов МиГ-9 с ноября прошлого года летал, и то только раз, всего один истребитель. А на аэродроме Городок, где базировался 3-й гвардейский авиаполк, с ноября прошлого года не летал ни один МиГ-9. Машины стояли под дождями с ноября 1947 г. (почти 2 месяца), их двигатели покрылись ржавчиной, стали корродировать и детали из магниевого сплава. При обращении к инженеру полка выяснилось, что техников самолетов не хватает, имеется только 30% от штата, а те, кто есть, «сидят в общежитии по причине отсутствия сапог». Положение изменило обращение в инженерный отдел армии, после чего работа технического и летного составов в части стала налаживаться, а штат был доукомплектован.
Однако, как ни старались представители промышленности свалить врожденные недостатки своего самолета на безалаберность военных, получалось у них это плохо. Во время очередного парада 7 ноября 1947 г. при пролете над Красной площадью у одного самолета оторвались щитки основного шасси. И этот случай был не единичным. Даже внешне МиГ-9 выглядели облезшими, так как краска не выдерживала скоростных полетов. На совещаниях с участием военных и руководства МАП обстановка все более накалялась. Представители авиапрома ссылались на спешку, в которой им приходилось работать над МиГ-9, на недопоставки комплектующих и т.д. Дело дошло до министра государственного контроля Л.З. Мехлиса, который прославился своей маниакальной жестокостью и полным идиотизмом. Хорошо представляя, чем могло бы закончиться разбирательство Мехлиса, министр авиапромышленности М.В. Хруничев решил защищаться активно и направил на имя В.М. Молотова письмо, в котором изложил историю серийного производства самолета, написал и про парады, и то, что промышленность делает все возможное по устранению недостатков; предлагал увеличить налет, улучшить эксплуатацию и т.д.