К марту 1897 г. вновь встала необходимость смены главных котлов. Котлы с рабочим давлением 5,6 атм. изготовил Балтийский завод. 20 апреля их испытали вдвое большим гидравлическим давлением и отправили во Владивосток. Одновременно с установкой главных и вспомогательных котлов на корабле капитально ремонтировали палубы, фальшборт и >I рангоут. Ко 2-му декабря 1899 г. новые котлы уже стояли на "Забияке". И вот здесь, когда все работы были уже позади, потекли некоторые швы одной из топок, грозившие вывести корабль из строя "на продолжительное время". Для выяснения причины аварии в сентябре 1900 г. была созвана комиссия. По счастью, в характере аварии (расслоение металла — "редкий случай подобного повреждения") не усмотрели вины завода-изготовителя. И Управляющий Морским министерством вице-адмирал П.П. Тыртов разрешил замену топки на "волнистую с гладкими концами" без демонтажа котла, причём топочные связи вновь заказали Балтийскому заводу, а саму топку - английской фирме "Лидс форджес компани".
Много хлопот доставил вспомогательный котёл. Он засорился в течение первых же нескольких месяцев службы и простаивал мёртвым грузом, поскольку конструкция котла не позволяла его чистить изнутри. В нём заменили нижнюю трубчатую решётку, служившую одновременно и верхом топки, сменили на медные проржавевшие железные дымогарные трубки. Из 10 мм-железа сделали отдельный паровик длиной 1,2 и диаметром 0,6 м. Наконец, намучившись с дорогостоящими заграничными ремонтами, командир подал рапорт о замене вспомогательного котла новым большего размера. По возвращении крейсера в Кронштадт в 1883 г. вспомогательный котёл был заменён. Тогда же опустили до уровня жилой палубы трубы парового отопления командного помещения, чтобы прогревали воздух, а не вышележащую палубу.
Была признана недостаточной и производительность водоотливных средств, почти 11 т/мин, и на "Забияку" установили два эжектора Фридмана № 10 и дополнительно две 7-дюймовые помпы Даутона.
По итогам первого заграничного плавания, ремонтные работы на "Забияке" выполнялись согласно дефектной ведомости, представленной командиром Ломеном "по начальству". Она состояла из девяти пунктов.
По первому пункту заменили руль на больший в полтора раза по площади (5,109 м³). По пятому — переменили руслени и сняли расположенные под ними волноотводы, которые и ржавчину в обшивке вызвали, и деревянным русленям дали прогнить. Новые волноотводы сделали съёмными, чтобы стало возможным красить железную обшивку. Переменили бакаут.
Заделывались старые штормовые шпигаты, по которым вода в принципе никуда не могла уйти, и вырубались новые. Всего лишь трёх шпигатов на борт, но прорубленных правильно, оказалось достаточно.