«Уметь желать – это почти достигнуть желаемого, – считал Макаров. – Каждый командир, каждый специальный офицер, каждый заведующий должен ревниво выискивать свои недочеты и все силы отдавать на их пополнение. Пусть не боятся ошибок и увлечений. Не ошибается только тот, кто ничего не делает. От работы, даже направленной по ложному пути, от такой даже, которую пришлось бросить, остается опыт. От безделья, хотя бы оно было вызвано самыми справедливыми сомнениями в целесообразности дела, ничего не остается… Размышлять некогда. Выворачивайте смело весь свой запас знаний, опытности, предприимчивости, старайтесь сделать все, что можете. Невозможное останется невозможным, но все возможное должно быть сделано. Главное, чтобы все… прониклись сознанием всей огромности возложенной на нас задачи, сознали всю тяжесть ответственности, которую самый маленький чин несет перед своей родиной!»
Однажды не вернулся из разведки миноносец «Стерегущий». Он был подбит в неравном бою, и японцы пытались взять корабль на буксир. Макаров тотчас же перенес свой флаг на легкий крейсер «Новик» и в сопровождении крейсера «Боян» устремился к месту боя на выручку. И хотя спасти «Стерегущий» не удалось (двое оставшихся в живых матросов открыли кингстоны и затопили корабль); вернувшийся в гавань «Новик» встретило громовое ура – салют личному бесстрашию командующего. Отныне сердце эскадры навсегда принадлежало Макарову – с ним возродилась вера в победу. Наступать и только наступать – вот стратегия нового командующего: «Не гонитесь за неприятелем, который далеко, если перед вами близко находится другой. Забудьте всякую мысль о помощи своим судам: лучшая помощь своим – есть нападение на чужих».
Инициатива в морской войне явно перешла к Макарову. Но 31 марта 1904 г. в 7 часов флагман порт-артурской эскадры броненосец «Петропавловск», где находился С. О. Макаров, а затем и другие броненосцы вышли на внешний рейд Порт-Артура. В 9 часов 39 минут утра «Петропавловск» подорвался на минах и затонул. Из 730 человек, находившихся на борту, удалось спасти только 80. Среди спасенных был Великий князь Кирилл Владимирович, но не оказалось ни друга Макарова знаменитого баталиста В. В. Верещагина, ни самого адмирала. Потеря была невосполнима и остро отразилась на ходе войны на море.
Особенно скорбели моряки и жители Порт-Артура. Многие плакали. «Что броненосец? – говорил пожилой боцман. Хоть бы два, да еще пара крейсеров в придачу. Не то! Голова пропала – вот что!»
В 2005 г. китайскими водолазами, обследовавшими погибшие корабли в гавани Порт-Артура, были найдены останки 6 тел, на одном из которых были частично сохраненные адмиральские знаки различия. Останки были переданы китайским властям, которые захоронили их в братской могиле, но, так как экспертиза по идентификации останков не проводилась, имя адмирала остается неизвестным.