Унгерн направился к монгольскому дивизиону, не подозревая, что и там его ждала измена. Самые преданные ему всадники пали ниц и обещали жестоко покарать предателей, покушавшихся на «Самодержца пустыни». Барон только махнул рукой, выпил воды и отправился спать. Через несколько минут пятеро монголов вползли в палатку, связали Унгерна и, отдавая низкие поклоны, с ужасом и благоговением покинули его.
Барон хорошо понимал, что через несколько часов он станет пленником большевиков. И от сознания этого бессильная ярость переполняла его. Никто из 18 поколений предков генерала никогда не попадал живым в руки врага. Все его родственники погибали только в бою. И именно к этому он сам постоянно призывал своих офицеров: «Лично мне ничего не надо. Я рад умереть за восстановление монархии. Будущие поколения будут или благословлять меня, или проклинать». Помня о судьбе Колчака, Унгерн всегда держал при себе яд, но накануне денщик, чистивший мундир барона, случайно вытряхнул капсулу.
Барон лежал в палатке один до тех пор, пока на нее случайно не натолкнулся разъезд красных партизан. Они не сразу поверили, что перед ними тот самый «Бог войны», и лишь по золотым погонам опознали белогвардейского генерала. Допрашивали Унгерна в Новосибирске. Генерал не хитрил, за жизнь свою не боролся: «Раз войско мне изменило, могу теперь отвечать вполне откровенно». Суд состоялся 15 сентября 1921 года и продолжался пять часов при большом стечении народа.
«Ни от чего я не отказываюсь и ни в чем не раскаиваюсь!» – сразу заявил Унгерн. Чего только ни повидал на своем веку председатель суда, старый большевик Опарин, но даже он дрожащими руками схватился за графин и долго булькал ледяной водой, нарушая повисшую в зале оцепенелую тишину. Газеты на следующий день так описывали процесс над злейшим врагом советской власти: «Моментами, когда он поднимает лицо, нет-нет да и сверкнет такой взгляд, что как-то жутко становится. Словно перед вами костер, слегка прикрытый пеплом». В 17 часов 15 минут был вынесен смертный приговор.
Барон Унгерн фон Штернберг до конца остался верен себе. В ночь перед казнью он сгрыз зубами (!) орден Святого Георгия, который никогда не снимал с груди. «Мой Георгиевский крест, пока я жив, никогда не достанется врагам», – любил повторять белогвардейский генерал. Он спокойно смотрел в глаза расстрельной команде, вытянувшись словно на параде.
Когда о расстреле барона узнал Богдо-гэгэн, он приказал отслужить панихиды о «родственнике Белого царя» во всех монастырях и храмах Монголии. Интересно, что до сих пор в годовщину гибели генерала монахи приходят на русское кладбище в Улан-Баторе, чтобы почтить память «Самодержца пустыни» Романа Федоровича Унгерна фон Штернберга.