Между тем события на обоих флангах сражения развивались далеко не однозначно. При попытке обойти левый (северный) фланг христиан под начальством Барбариго множество галер Магомеда Сирокко оказались на мели, и, воспользовавшись этим, экипажи стали покидать свои корабли, чтобы где вплавь, а где вброд добраться до берега, чтобы избежать дальнейшего участия в сражении, попросту дезертировав, хотя при этом множество народа утонуло. В последующих абордажных схватках Сирокко был убит, что окончательно сломило боевой дух турок. Одна за другой турецкие галеры становились добычей моряков и солдат Священной лиги, хотя их командир Барбариго незадолго до завершения сражения погиб от стрелы, поразившей его в глаз.
На южном фланге христиан под командованием Джиованни Дориа успех поначалу клонился на сторону противостоящего ему алжирца Улуч-Али, поскольку тот в самом начале битвы успешно обошел христианские галеры, как будто тем самым оголив свой фланг, подставив себя под удар христиан. Генуэзец попался на эту уловку, несмотря на то, что дон Хуан своими сигналами неоднократно пытался вернуть на отведенное ему первоначально место. Однако Дориа настолько растянул свои корабли, что этим воспользовался его противник, прорвавшийся на свободу из акватории Коринфского залива, уничтожив или взяв в плен несколько христианских кораблей, включая мальтийский флагман, экипаж которого был полностью вырезан турками, которые в качестве трофея получили его флаг. Более того – на буксире они попытались увести и саму галеру в качестве ценного трофея, однако вовремя подоспевший Санта-Круз не позволил им сделать этого. «После измены союзника, на которого надеялись больше всего, турки совершенно потеряли мужество: ужасное бегство и страшная резня довершили их бедствия. Флот их доставил 300 пушек христианам, которые убили в тот день более 30 000 тысяч человек» (Архенгольц. С. 280). Тем не менее Улуч-Али ценой собственного бегства спас остатки турецкого флота в количестве около тридцати галер, заслужив от потомков не самую лучшую характеристику в качестве морского командующего: «Несмотря на выдающуюся храбрость, Улуч был все-таки скорее морским разбойником, чем флотоводцем, так как после того как он бросил руководство своей эскадрой, он больше не достиг никаких успехов» (Штенцель. С. 160). По своим результатам это была решительная победа, не позволявшая какого-либо иного толкования, поскольку вражеский флот практически был полностью уничтожен. Именно так восприняла битву при Лепанто остальная Европа, ликовавшая по получении известия о победе христианского флота, предполагая тем самым устранение опасности с Востока, что больше имело моральное значение. В реальности на положение Османской империи как лидера мусульманского мира гораздо большее значение имела смерть Селима II и последующее разложение Оттоманского государства по сугубо внутренним причинам, включая пресловутую коррупцию и сопутствующие ей явления. Государство, живущее военной добычей и трофеями, без собственного производства, как показала история, обречено на экономическое отставание и общественную деградацию. Последующие второстепенные победы Архенгольц назвал «последним отблеском оттоманского могущества. Лепантская битва нанесла ему гибельный удар, от которого она никогда не оправилась. Начиная с этого времени, обширные подвиги мусульманских пиратов уже исчезают на Средиземном море. Алжир и Тунис объявили себя независимыми государствами и признавали за Константинополем лишь воображаемое господство» (Черчилль. Т. 2. С. 281).