Потери сторон в этом наиболее кровопролитном сражении всех времен и народов по Штенцелю выглядят следующим образом: «Из правого турецкого крыла около 30 кораблей приткнулось к берегу, причем остатки их экипажей попрятались; эти корабли и еще много других было сожжено, 117 галер было захвачено победителями с крупной добычей, в числе которых было 117 тяжелых и 256 легких орудий, то есть в среднем по три орудия на каждом корабле. Потери турок людьми исчислялись в 25 000 убитых, 3500 матросов пленными; солдаты, по-видимому, все были перебиты. В числе убитых не показаны, вероятно, рабы-гребцы; их было взято в плен около 15 500, в том числе 12 000 христиан, которые были отпущены на свободу.
Союзники также понесли значительные потери офицерами и солдатами; потери эти составили 8 – 10 тысяч человек; кораблей они потеряли только 12–15, которые почти все были потоплены Улуч-Али; убитых было 7600 и, кроме того, в ближайшие дни умерло 2500 тяжело раненных, всего, значит, более 10 000 человек; число легко раненных не указано.
Таким образом, с обеих сторон было 35–40 тысяч убитых, цифра, которая превосходит потери в наиболее кровопролитных сухопутных сражениях новейшего времени» (Штенцель. С. 162). Отметим на будущее, что человеческие жертвы этого сражения значительно превзошли будущие морские сражения, начиная от англо-голландских войн XVII столетия и кончая Пёрл-Харбором, не говоря о сухопутных битвах, что подтверждается всеми существующими историческими документами и исследованиями.
В заключение отметим главные особенности первой осады Мальты. Во-первых, первопричина осады носила чётко выраженный религиозный (идеологический) характер, позволивший участникам искать утверждения своих целей и намерений в обращении к высшим силам на небесах, причем у обеих сторон. Во-вторых, религиозный характер, в прошлом определявший характер многих событий на Мальте, к рубежу XVIII и XIX столетий себя исчерпал, и определялся уже складывающейся системой межгосударственных отношений, в которых не было места религиозным проявлениям. В-третьих, сами военные события 1565 года практически ограничивались территорией острова. В-четвертых, эта осада показала зависимость острова от материка. В-пятых, обе стороны военного конфликта стремились к решению своего конфликта столкновением на суше, без такого же на море. В-шестых (как результат), морской десант мусульман отражался только сухопутными силами без участия морских. В-седьмых, потери обороняющейся стороны многократно были меньше потерь атакующих, несмотря на то, что количество атакующих многократно превышало число обороняющихся. В-восьмых, обе стороны на суше широко использовали огнестрельное оружие, включая артиллерию.