Произошло это так. В феврале 1798 года российский самодержец Павел I получил сведения, что из Тулона вышел большой французский флот общим направлением на восток Средиземноморья, возможно, с целью атаковать южное побережье России в Черном море. Он приказал эскадре вице-адмирала Ушакова срочно выйти навстречу ожидавшемуся противнику. В сложившейся необычайно сложной и запутанной обстановке, под дулами корабельных орудий эскадры Ушак-паши (как звали русского адмирала правоверные мусульмане после знакомства с ним в битвах на Черном море) турки перепугались настолько, что, вступив в союз со своим извечным врагом Россией, подкрепили эскадру Ушакова собственными кораблями. Вот тогда-то проблема Мальты, причем в условиях сложных политических и личных отношений, замаячила перед нашими моряками. «Главной целью, указанной Ушакову при его отправлении, было освобождение от французов Ионических островов, изгнание французов, при содействии англичан, из Южной Италии, освобождение Мальты и содействие англичанам при блокаде Александрии и в других местах» (Веселаго. С. 178). Таким образом, Мальта значилась в планах Ушакова практически последним пунктом.
Как сказано выше, Мальта оказалась в руках Бонапарта в полном смысле попутно, когда на всякий случай на пути в Египет он зашел в Гранд-Харбор, чтобы запастись водой на дальнейший путь. Предлог был явно надуманный, поскольку продовольствием французы были обеспечены на ближайшие три месяца, а водой – по крайней мере на сорок дней, тогда как до берегов Египта оставалась всего неделя пути. Поскольку положение с водой на архипелаге уже известно читателю, мальтийцы вполне обоснованно заявили, что они могут снабдить водой только четыре корабля, тогда как французская эскадра насчитывала только одних линейных кораблей тринадцать, не считая сотен транспортов с войсками общей численностью до тридцати тысяч человек. Характер «просьбы» не оставлял сомнений, тем более что она была подкреплена десантом общей численностью в пятнадцать тысяч солдат и моряков, высадившихся на остров 10 июня. Тем не менее, судя по дальнейшим событиям, едва ли в планах Бонапарта Мальта играла важную роль.
Хотя орденские рыцари к этому времени порядком утратили прежний боевой пыл, и их общие силы в количестве 332 членов ордена и почти двух тысяч наемников противостоять противнику отнюдь не могли в любом случае, но гроссмейстер ордена фон Гомпеш вдруг вспомнил о былой славе, а его воины (не считая переметнувшихся на сторону французов наемников), включая самых старых и хилых, продержались в пределах Валетты целый день. Генерал Бонапарт, понимая, что при таком соотношении сил в глазах просвещенной Европы славы ему не сыскать, предпочел предоставить орденским рыцарям почетную капитуляцию. По ее условиям, острова архипелага становились владением Французской Республики, бывшие рыцари ордена могли отправиться в Европу, кто куда пожелает. Накопленные богатства ордена (естественно, включая пиратскую добычу) становились трофеями французов, о чем до сих пор напоминают туристические проспекты. Покидая Мальту, генерал Бонапарт оставил на ней гарнизон под командованием генерала Вобуа. Правда, после разгрома французского флота у Абукира в дельте Нила вездесущим Нельсоном надобность в такой передовой базе отпала, как вскоре отпал из зоны французских завоеваний и сам Египет.