Тем не менее реакция на захват Мальты в России и Англии оказалась практически одинаковой, хотя и по разным причинам. У императора Павла отняли любимую игрушку, тем более, что англичане еще в декабре 1798 года неоднократно заявляли о готовности вернуть ее в расчете на дальнейшую помощь со стороны России в предстоящих войнах с Наполеоном. Со времен Тулона они убедились в опасности этой личности, в то время как после капитуляции гроссмейстера иоаннитов фон Гомпеша Павел I становился его преемником. В такой ситуации его кандидатура в качестве потенциального союзника становилась для Лондона вполне приемлемой.
Талант Нельсона-стратега заключался в том, что многие его решения опережали стремления правящих кругов Британии, что полностью относилась и к Мальте, тем более, что в своих русских союзниках Нельсон больше видел опасных конкурентов. В письме к капитану Беллу сам Нельсон свое отношение к проблеме государственной принадлежности Мальты отразил следующим образом: «Король неаполитанский есть законный государь острова Мальты, и я согласен с тем, что его флаг должен развеваться во всех пунктах острова. Но так как я не сомневаюсь, что неаполитанский гарнизон сдаст остров любому, кто пожелает заплатить, то необходимо, чтобы Мальта находилась под покровительством Великобритании на всем протяжении войны. Поэтому король неаполитанский желает, чтобы во всех пунктах, где развевается неаполитанский флаг, рядом с ним был бы поднят английский флаг. Я уверен, что неаполитанское правительство без каких-либо возражений уступит владение Мальтой Англии. На днях я вместе с сэром Уильямом Гамильтоном добился у короля тайного обещания не уступать Мальту никому без согласия британского правительства. Вы не должны допустить, чтобы на острове развевался какой-либо флаг, кроме английского и неаполитанского. В случае, если какая-либо группа мальтийцев захочет поднять русский флаг, то впредь ни король, ни я, не позволим мальтийцам ввозить из Сицилии хлеб для собственных нужд» (Трухановский. С. 188). Другие источники также подтверждают эту позицию, поскольку, по мнению адмирала, это «даст большое влияние на Левант и на всю южную часть Италии. Из этих соображений, я надеюсь, мы ее никогда не отдадим» (Махов, Созаев. С. 246). Такая точка зрения окончательно возобладала с постройкой Суэцкого канала, но было очевидно, что адмирал опережал планы собственного правительства, что и делала его стратегом мирового уровня. Правда, Мальту еще предстояло вырвать из рук французов, а события на ней развивались, как показала история, весьма своеобразно.