Флотский экстремизм сильно влиял на процесс нового советского государственного и военного строительства, на вершине которого в значительной степени, как в центре, так и на местах, оказались военные моряки. При этом у моряков, попавших во властные структуры (П.Е. Дыбенко, Н.Г. Маркина, Ф.Ф. Раскольникова и др.), он проявлялся в склонности к диктаторским методам руководства, а во флотских низах – в стихийном анархизме. Стихийные анархические настроения в матросской среде, ранее не очень заметные в русле нарастания вооруженного восстания, теперь нередко приобретали характер открытой уголовщины. Вместе с тем в процессе утверждения новой государственной власти, обнаружения склонности ее к диктаторским методам, в анархическом противостоянии матросов власти стали проявляться демократические элементы. Это имело место в антибольшевистских выступлениях матросов в Петрограде в октябре 1918 года (Минной дивизии и 2-го Балтийского экипажа). Матросы экипажа арестовали комиссаров, выбрали новых, «реквизировали» в Мариинском театре симфонический оркестр и вышли на набережную Невы с антибольшевистскими лозунгами. Реакция властей была жестокой.
Противостояние флота и новой власти достигло большой остроты в связи с заключением Брестского мира (3 марта 1918 года) и его последствиями. Объяснялось это во многом ростом значения большевистской революции и тем, что участие в ней становилось для матросов главным приоритетом, в то время как для миллионов солдат старой армии, с настроениями которых советская власть должна была гораздо больше считаться, революция продолжала оставаться, прежде всего, средством заключения мира и демобилизации. Другой причиной были исключительно тяжелые условия Брестского мира для флота. Он терял свои главные базы, находившиеся в Финляндии и Украине. Противостояние развернулось в Петрограде, Москве, Крыму, на Северном Кавказе, Волге, Баку, в Архангельске и ряде других ключевых политических точек страны, и оно значительно влияло на общий ход исторических событий.
В немалой степени под влиянием матросской опасности большевистским правительством было принято решение о переносе столицы из Петрограда в Москву. В период переноса столицы на основе оппозиции матросов большевистским властям возникло «Дело» наркома флота П.Е. Дыбенко, бывшее одной из главных тем газет всех направлений весны 1918 года. На основе антибрестовской позиции флота возникло также «Дело» адмирала Щастного. Главной же причиной было стремление правительства и особенно Л.Д. Троцкого определить «стрелочника» за оппозиционные выступления балтийских матросов в Петрограде.