Очень драматично проходили в это время события на Черноморском флоте. Антибрестовская политика черноморцев способствовала склонности правительств Германии и советской России к уничтожению флота, несмотря на, казалось бы, общую заинтересованность в использовании его против Антанты и войск А.И. Деникина. В результате основное ядро флота самозатопилось 18 июня 1918 года в Новороссийске. Судьба Черноморского флота приняла масштаб общенациональной трагедии и сыграла большую роль в провоцировании экстремизма с активной ролью матросов в т.н. «украинском потоке» отступавших с Украины через Юг и Волгу советских отрядов. Это вызывало недовольство местного населения и способствовало созданию почвы для распространения Белого движения в данных районах.
Черноморская трагедия явилась также важной причиной мятежа 6—7 июля 1918 года в Москве (левых эсеров), в котором военные моряки, в том числе и сошедшие на берег с затопленных кораблей, были не только основной военной силой, но и в значительной степени инициаторами и вдохновителями этого выступления. Поражение июльского «левоэсеровского мятежа» привело, как известно, к установлению однопартийной системы в стране и в то же время к решающему поражению матросской оппозиции большевикам.
Крупные антибрестовские выступления военных моряков имели место также в июле – августе 1918 года на Каспийской флотилии, которые закончились установлением в Баку антибольшевистского правительства – «Диктатуры Центрокаспия», и на Флотилии Северного Ледовитого океана в Архангельске.
Несмотря на раскол флота, гибель кораблей и поражение матросской антибольшевистской оппозиции в начавшейся широкомасштабной Гражданской войне, роль военных моряков продолжала оставаться высокой. Связано это было с общим укреплением советской власти и потребностью во флоте как в военной силе (и для «красных», и для «белых»). Моряки продолжали играть авангардную роль как в проявлениях героизма в боевых действиях, так и в процессах, сопровождавших ход Гражданской войны. Стремление к крайним мерам на начальном этапе этой войны особенно выразилось в принятии политики террора. В начале сентября 1918 года, как известно, в связи с покушениями на В.И. Ленина и другими громкими террористическими актами лета 1918 года, в каждом из которых имелось определенное матросское участие, политика «красного террора» была официально распространена на всю страну. Наибольшие жертвы и длительность она имела в Петрограде и Кронштадте. Однако здесь матросы были и в числе первых, кто стал ощущать вред этой политики и противодействовать ей. Надо сказать, что заметный след в Гражданской войне оставила и политика «белого террора». Здесь обое стороны проявили неоправданную жестокость. К сожалению, в этом принимали участие и военные моряки.