После Февральской революции, в марте 1917 года Кедров был назначен помощником морского министра. Фактически руководил этим ведомством в условиях, когда А.И. Гучков совмещал руководство Военным и Морским министерствами и не был специалистом в военно-морских делах. В апреле 1917 года Кедров был одновременно назначен начальником Морского Генерального штаба. Вскоре после назначения военным и морским министром А.Ф. Керенского, адмирал Колчак предложил Кедрову занять пост командующего бригадой линейных кораблей на Черноморском флоте. Предложение он принял, но не вступил в должность, так как Колчак подал в отставку с поста командующего Черноморским флотом. В июне 1917 года Кедров был назначен в распоряжение морского министра. Через две недели стал уполномоченным Морского министерства при Русском правительственном комитете в Лондоне, занимался координацией действий русских морских агентов в Лондоне и Париже.
В период Гражданской войны в России Кедров М.А. занимал пост члена Особого совещания при российском посольстве в Лондоне по вопросам эксплуатации русского торгового флота союзниками. Верховный правитель России адмирал Колчак поручил ему организацию транспортов по снабжению Белых армий, а также назначил морским экспертом российского уполномоченного при союзниках в Париже С.Д. Сазонова. С 12 октября 1920 года Кедров М.А. стал командующий Черноморским флотом, был приглашен на этот пост командующим Русской армией генералом П.Н. Врангелем. Он был произведен в вице-адмиралы. Руководил переходом Черноморского флота из Севастополя и других крымских портов в Константинополь в октябре 1920 года. Во время этого перехода в организованном порядке были эвакуированы части белой армии Врангеля и гражданские беженцы. В своих воспоминаниях Врангель писал, что «Кедров имел репутацию исключительно умного, решительного и знающего моряка. При личном знакомстве он произвел на меня наилучшее впечатление. После некоторых колебаний адмирал Кедров изъявил согласие должность принять. Этот выбор оказался чрезвычайно удачным. Беспримерная в истории исключительно успешная эвакуация Крыма в значительной мере обязана своим успехом адмиралу Кедрову». После прибытия в Константинополь Кедров довел Русскую эскадру до Бизерты (Тунис). 31 декабря 1920 года сдал командование контр-адмиралу М.А. Беренсу и выехал в Париж.
В эмиграции Кедров жил во Франции, где успешно закончил Школу дорог и мостов. Работал инженером, опубликовал в Париже монографию «Современный курс железобетона». Был председателем Федерации русских инженеров в Париже, объединившей эмигрантские инженерные организации и входившей в состав Всеславянского объединения инженеров. Добился того, что на мероприятиях этого объединения Россию представляли эмигранты, а не советские инженеры. Играл значительную роль в русской военной эмиграции, был председателем Военно-морского союза, в состав которого входили более 30 отделов и групп в различных странах. С 1930 года – второй заместитель председателя Русского общевоинского союза (РОВС) генерала Е.К. Миллера. После похищения Миллера советскими агентами в 1937 году недолго исполнял обязанности председателя РОВС, затем отошел от политической деятельности. С 1938 года – второй вице-председатель Союза георгиевских кавалеров. В 1945 году вошел в состав делегации русских эмигрантов, посетивших советское посольство и приветствовавших военные успехи Красной армии, однако советского гражданства не принял. Скончался Кедров М.А. в Париже и похоронен на кладбище Сент-Женевьев-де-Буа.