Вместе с тем в этот период возрастают недоверие и подозрительность советских властей и сухопутного командования не только к махновцам, но и к военным морякам за их левизну, сепаратизм и махновские симпатии. На этой почве происходит необоснованная гибель на сухопутном фронте Морской дивизии, ядро которой составляли собранные со всех флотов и флотилий политически закаленные матросы – ветераны революционных событий 1917—1918 годов. На завершающем этапе Гражданской войны в освобождении Белого Крыма, держащегося своим островным положением, Красный флот далеко не сыграл той роли, которую мог бы сыграть.
Наступил 1921 год. И военно-морской флот впервые мощно выступил против советской власти, которую он вместе с большевиками устанавливал в ходе октябрьского переворота в 1917 году. Кронштадтское восстание марта 1921 года имело разнообразный социальный состав участников, отражающий демократическую основу восстания. Ведущую роль играли сознательные элементы матросской массы, незадолго до восстания вышедшие из РКП(б), ядро которых находилось среди закаленных в революционных политических битвах старослужащих матросов линейных кораблей. Восстание почти полностью поддержали военспецы из бывших офицеров, но они играли подчиненную роль. Основную массу восставших составляли молодые матросы, около половины которых были призывники из районов, захваченных махновским движением. Молодые матросы, стремясь следовать революционным традициям старослужащих и авангардной роли флота и Кронштадта, чаще других инициировали выступление. Широким социальным слоем среди молодых матросов были т.н. «клешники», отражавшие анархический протест существовавшей власти на бытовом и дисциплинарном уровне.
Главные причины Кронштадтского восстания вытекали из того, что оно было логическим продолжением всей предшествующей революционной истории крепости. В выражении социального протеста в стране, вызванного кризисной обстановкой начала 1921 года, кронштадтцы, как и прежде, стремились играть авангардную роль. Однако именно эта роль теперь уже настораживала значительные слои населения, испытывавшего разочарования в революции вообще, что отрицательно сказалось на их поддержке демократических лозунгов восставших. Среди военных моряков имели место накануне и в ходе восстания переоценка своей авангардной роли и новые симпатии к анархизму. Восстание военных моряков в Кронштадте явилось символом начала протеста против установившегося характера советской системы в рамках ее самой, демократической альтернативы ее развития.