Конец 1918 года характеризовался новым всплеском революционных настроений на флоте. Он был вызван окончанием Первой мировой войны, революцией в Германии (начатой там тоже матросским восстанием) и надеждами на давно ожидавшуюся мировую революцию. Заметной формой проявления таких настроений на флоте в этот период было шапкозакидательство при проведении военных операций. Так, полным провалом закончилась попытка с помощью действий балтийских кораблей подтолкнуть революцию в Эстонии в конце декабря 1918 года.
Этот этап, сопровождаемый новыми разочарованиями в мировой революции, привел и к новому разочарованию политикой большевиков. На флоте, как отражение общей обстановки, вновь оживились оппозиционные настроения. Только теперь они отражали негативное отношение к Гражданской войне, лозунг «довольно братской крови», дезертирские настроения, особенно распространенные тогда на северо-западе страны. Результатом таких настроений в связи с приближением «белых» к Петрограду стало известное восстание военных моряков на форте Красная Горка в июне 1919 года. Восставшие наивно рассчитывали на помощь и равноправные отношения с английским флотом и «белыми». Однако последние помнили матросские самосуды над офицерами и действенной помощи не оказали. Поэтому восстание быстро потерпело поражение.
Большую роль в первой половине 1919 года продолжал играть матросский фактор в Украине. Здесь освобождение от немецкой оккупации приняло характер «Украинской Октябрьской революции», в которой матросы в Восточном освободительном потоке, направленном к приморским городам, играли авангардную роль, во многом подобную 1917 году в Петрограде. «Северные» и «южные» матросы слились главным образом в феврале 1919 года в 1-й Заднепровской дивизии под командованием П.Е. Дыбенко с комбригами Н.И. Махно и Н.А. Григорьевым. Причинами успеха их действий были как анархическая обстановка, вызванная многократной сменой властей в Северном Причерноморье, так и известные леводиктаторские методы руководства Москвы. В ходе этих выступлений матросская масса пережила очередной раскол, но в то же время рождала подлинно демократические элементы в Гражданской войне. Они особенно проявились в крупном выступлении флотского полуэкипажа в Николаеве в конце мая 1919 года, лозунги которого во многом предвосхитили лозунги Кронштадтского восстания 1921 года.
В ходе разгрома деникинских войск и выхода Красной армии в Причерноморье в начале 1920 года вновь возрастает значение флотского фактора. Вновь начинается процесс создания «красных морских сил», в котором ведущую роль играют прибывающие балтийские моряки и военспецы. Они занимают разного рода командные и комендорские должности по всему побережью и на имеемых немногочисленных судах. Однако влияние т.н. «таврических матросов», у которых имелись даже свои партизанские флотилии, и махновцев, вблизи столицы которых (Гуляй-Поля – Мариуполя) создается «главная морская сила красных на Юге» – Азовская флотилия, – также возрастает. В связи с этим возрастают «партизанщина» и подозрительность к военспецам во врангелевских симпатиях. Это способствует разобщенности действий, дилетантству, ряду военно-морских неудач, в частности, необоснованной сдаче Мариуполя и т.п.