Отослав ответ Родзянко о «признании» Временного комитета, адмирал Непенин немедленно устроил у себя на штабном корабле «Кречет» собрание всех флагманов, где объявил о телеграмме Родзянко и о своем ответе, прибавив, что если кто-либо из присутствующих не согласен с его решением, того он просит прийти к нему в каюту. Все присутствовавшие на собрании флагманы признали решение командующего правильным. Они, разумеется, не приветствовали разыгрывавшихся событий, но считались, как тогда представлялось, с их неизбежностью. Но один из флагманов – адмирал Михаил Коронатович Бахирев – никак не мог согласиться с логичностью приводимых доводов. Сейчас же после заседания он прошел в каюту к адмиралу Непенину и заявил ему, что остается верен его величеству, а потому не считает для себя возможным продолжать службу. Но после беседы с Непениным он согласился остаться служить, но только до конца войны. Кроме адмирала Бахирева отрицательное отношение к вынесенному на собрании флагманов решению высказал временно исполнявший должность начальника 2-й бригады линейных кораблей капитан 1-го ранга Г.О. Гадд. 1 марта императору поступил доклад: «Адмирал Непенин доносит, что не признал возможным протестовать против призыва Временного Комитета. Таким образом, Балтийский Флот признал Временный Комитет Государственной Думы».
2 марта командующий Балтийским флотом послал на имя государя императора вторую телеграмму: «С огромным трудом удерживаю в повиновении флот и вверенные мне войска. В Ревеле положение критическое, но не теряю еще надежды его удержать. Если решение не будет принято в течение ближайших часов, то это повлечет за собою катастрофу с неисчислимыми бедствиями для нашей Родины. Вице-Адмирал Непенин». Адмирал Непенин не участвовал и даже не знал о заговоре против императора, который в это время расцвел пышным цветом. Также об этом ничего не знали и командиры главных военно-морских баз Балтийского флота.
Командование военно-морской базы в Кронштадте, имевшее с Петроградом прямую телефонную связь, было прекрасно осведомлено 27 февраля о начале революции. Стремясь избежать распространения брожения на матросов, командование попыталось скрыть от них новости из столицы. 28 февраля главный командир порта адмирал Вирен и комендант крепости адмирал Курош созвали совещание офицеров флота и гарнизона. На совещании рассматривался главный вопрос: можно ли рассчитывать на кронштадтских солдат и матросов, в случае если придется бросить их на борьбу с восстанием в Петрограде. Большинство офицеров ответило, что матросы немедленно присоединятся к революционерам.