Григорий XII находился в зависимости от всесильного кардинала. Но постепенно он стал тяготиться опекой Коссы и, чтобы ослабить его влияние в среде высших священнослужителей, назначил новых кардиналов. Отношения между папой и первым кардиналом резко обострились. Григорий XII предал Балтазара Коссу анафеме и лишил звания и прав легата. Жители Болоньи и Романьи освобождались от клятвы верности Коссе.
В ответ на это Косса объявил себя абсолютным и независимым властелином областей, которыми он ранее управлял от имени папы. Кроме того, он приступил к объединению священнослужителей и правителей государств, недовольных правлением папы Григория XII.
15 июня 1409 года двадцать четыре кардинала, десять из которых были сторонниками папы Бенедикта XIII, правившего в Авиньоне, и четырнадцать – папы Григория XII, собрались в Пизе, чтобы низложить обоих пап и избрать одного. Косса проделал громадную подготовительную работу, большинство церковных сановников, присутствовавших на нем, высказались за то, чтобы верховным понтификом стал достойнейший из них – Балтазар Косса. Но он отказался от этой чести, мотивируя свой отказ тем, что есть более достойный кандидат на столь высокий пост – грек Петр Филарг, который был его ставленником.
Авторитет Коссы сделал свое дело, и 7 июля 1409 года Петр Филарг стал папой под именем Александра V. В эти же дни Косса встретил Иму. Узнав о соборе, она уговорила мужа приехать в Пизу и вот уже десять дней жила в городе, тайно приходя к дому, где поселился Косса, в надежде увидеть возлюбленного. Балтазар снял лучший дворец в городе, чтобы там встречаться с Имой.
Их идиллия продолжалась почти месяц, пока Яндра не выследила любовников. Нанятый ею убийца четыре раза ударил Иму стилетом. Негодяя схватили и заставили назвать имя заказчика убийства. Хотя раны Имы оказались не смертельными, Косса отравил Яндру…
По странному совпадению в один день с Яндрой, 3 мая 1410 года, умер и папа Александр V, и теперь уже никто не стоял на пути Коссы к престолу апостола Петра. Требовалось лишь собрать кардиналов, которые утвердили бы избрание Коссы.
Конклав кардиналов собрался в Пизе 17 мая 1410 года и состоял из семнадцати человек. Большинство из них были подкуплены Коссой, он обещал им, в случае если они поддержат его кандидатуру, привилегии и льготы.
Неожиданностей не случилось: бывший пират был избран папой. Возведение на престол должно было состояться 25 мая. Косса решил, что станет Иоанном XIII, поскольку симпатизировал Иоанну XII, занимавшему папский престол за сто лет до него.