Впрочем, широкой публике роль Литвиненко в саботаже расследования одного из самых громких убийств девяностых тогда осталась совершенно неизвестной. Более того, этот дикий эпизод даже не особенно повлиял на его дальнейшую карьеру: в 1997 году Литвиненко работает в 7-м отделе УРПО ФСБ, в должности старшего оперативного сотрудника. Отношение сослуживцев к Литвиненко не было слишком восторженным. Известно, что в среде коллег он получил прозвище «сквозняк» – предположительно, за свою способность внезапно оказываться то там, то тут.
Также принимал участие в военных действиях в Чечне – в частности, в январе 1996 года был в Первомайском во время террористического рейда банды Радуева и Исрапилова. (Сослуживцы его роль в этих событиях оценивали довольно неоднозначно.)
Над карьерой Литвиненко начали сгущаться тучи. В начале 1998 года Литвиненко попал в разработку Управления собственной безопасности (УСБ) ФСБ, в связи с «возможными злоупотреблениями». (Что скрывалось за этой обтекаемой бюрократической формулировкой, станет понятнее из дальнейшего.) Похоже, что именно его тревога за свою судьбу проясняет его дальнейшие шаги.
30 апреля 1998 года Литвиненко делает официальное заявление в прокуратуру по поводу того, что «его начальство» приказало ему убить Березовского. Прокуратура начинает расследование. А 17 ноября имеет место скандально известная пресс-конференция на ТВ, где Литвиненко, вместе с еще несколькими своими коллегами из УРПО в масках (позднее станут известны их имена: Виктор Шебалин, Андрей Понькин, Герман Щеглов, Константин Латышонок) повторяет свои заявления о «приказе убить Березовского…» уже перед широкой публикой. Тем не менее (несмотря на свою скандальность), выступление Литвиненко особой сенсацией не стало. Про Литвиненко тогда публике было мало известно – но вот Березовский уже воспринимался общественностью как одиозная и лживая личность. Однако, обращение Литвиненко в прокуратуру, по-видимому, все-таки сыграло определенную роль в том, что 25 июля 1998 г. директор ФСБ Николай Ковалев был снят со своего поста (хотя вряд ли оно было решающим: у Ковалева и так имелось немало врагов в Кремле).
Что скрывалось за этой историей? Очевидно, что одним из главных мотивов Березовского было желание устранить Ковалева (а лучше всего – вообще добиться расформирования УРПО, деятельность которого, видимо, Березовскому мешала). У Литвиненко здесь присутствовали и личные мотивы – его отношения со своим начальством к этому времени уже были испорченны до безнадежности, и он понимал, что его увольнение – вопрос времени. Возможно, ему (и его коллегам) за выступление на ТВ были обещаны не только деньги (поговаривают о сумме в десятки тысяч долларов), но и серьезные посты в некой