Местоположение минных полей являлось строжайшей тайной. Даже для своих. Поэтому штурманы и лоцманы гражданских транспортов, не посвященные в нее, не могли обеспечить безопасное плавание на выходах и подходах к своим портам. Через неделю военные дали своих лоцманов, но, направлявшиеся на пассажирские и грузовые суда, они были абсолютно не подготовлены к выполнению своих функций, многие из них еще не имели четкого представления об условиях плавания и о береговом рельефе. Этот «опыт» обошелся гражданским морякам достаточно дорого. Были потеряны пять судов различного тоннажа.
В первый же день войны на позиции для действий на морских коммуникациях вышли подводные лодки Щ-206 (С. Каракай), Щ-209 (И. Киселёв), Щ-205 (П. Дронин). В базу не вернулась Щ-206. Это была первая лодка на ЧФ, потерянная в годы войны. Через 18 суток с позиции вернулась Щ-205, которая соприкосновения с неприятелем не имела. Военком В. Колоденко доложил, что командир П. Дронин маневрировал вне своей позиции. После проверки штурманских прокладок и журнала боевых действий данный факт подтвердился. Это было расценено как трусость командира и невыполнение им боевого приказа. Командир был предан суду военного трибунала и по его приговору расстрелян.
После начала войны состав флота резко меняется. Во флот поступают мобилизованные суда. По мобилизации Черноморский флот за первый месяц войны получил 84 судна и катера от гражданских наркоматов, а также 105 кораблей и катеров от НКВД (из них 48 катеров типа МО).
Мобилизованные корабли получили артиллерийское вооружение, в основном за счет мобилизационного запаса. Преимущественно устанавливались 45-мм пушки 21К и 12,7-мм пулеметы, которых на флоте было избыточное количество, однако некоторые корабли получили и более солидное вооружение. Самым хорошо вооруженным «гражданским» кораблем стал ледокол «Анастас Микоян», получивший пять 130-мм орудий. Корабль получил статус «вспомогательного крейсера». К сожалению, осенью 1941 г. корабль был разоружен и переброшен на Тихоокеанский флот.
Достаточно мощное вооружение получили «канонерские лодки» (бывшие грунтоотвозные шаланды Азовтехфлота Спецгидростроя НКВД) «Буг», «Дон», «Рион», «Кубань», «Днестр». Эти корабли немецкой постройки (1927–1929 гг.) водоизмещением 840 т получили по две 130-мм, две 45-мм пушки и два зенитных пулемета. Шестой корабль этой серии, шаланда «Днепр», вооружения не получил, т. к., следуя в Одессу для вооружения, попал на свое минное заграждение и погиб.
Военные специалисты-историки пишут: «Плохое техническое состояние большинства призываемых транспортных средств и неподготовленность гражданских организаций к передаче судов флоту резко снизили темпы их отмобилизования и оборудования. Так, например, транспорты «Москва» и «Апшерон» по плану поступали на второй день мобилизации, в действительности же «Апшерон» прибыл на 17-й, а «Москва» на 19-й день, причем «Апшерон» требовал капитального ремонта, спецоборудование, запасные части и механизмы отсутствовали».