В ходе боевых дежурств подводных лодок выявилась недостаточность подготовленности их экипажей. За 5 суток плавания по счислению на позициях дозорной службы М-33 (Д. Суров) и М-34 (Н. Голованов) имели отклонения от своих мест до 30–40 миль. Это привело к тому, что произошла боевая «встреча» М-33 со сменявшей её в дозоре М-35 (М. Грешилов). Лодки вышли в атаку друг на друга.
Попытка обоих командиров лодок сманеврировать для атаки взаимно не удалась: они быстро потеряли друг друга в темноте. Но после доклада командира М-33 об этой встрече был сделан ошибочный вывод о наличии в районе главной базы подводных лодок противника. Истина вскрылась только после возвращения из дозора М-35. Это заставило уделить больше внимания астрономической практике штурманов и командиров вплоть до организации для них ежедневных ночных тренировок с выходом на шлюпке или катере на рейд Балаклавы.
В начале июля 3-й и 4-й дивизионы «щук» были перебазированы в Феодосию. Была попытка базировать лодки в бухте Ак-Мечеть, но, не обеспеченная прикрытием от ударов авиации противника, она оказалась неудачной: выведенные туда из Севастополя 12 августа боевые подводные лодки М-35, М-36 и достраиваемые М-111, М-112 и М-113 с плавбазой «Эльбрус» в первый же день стоянки подверглись налёту самолётов противника и были возвращены в Севастополь. Для обеспечения маневренного базирования малых лодок пришлось перераспределять имеющиеся плавбазы, выделять для этого другие суда.
2-й бригаде были отданы плавбаза ПЛ «Эльбрус», состоящая до этого в 1-й бригаде, и теплоход «Львов», которые нужны были для обеспечения базирования в Балаклаве. 1-я бригада получила взамен «Эльбруса» учебный корабль «Нева», который потом обеспечивал 3-й и 4-й дивизионы в Феодосии.
На какое-то время Черноморский флот «затих», не предпринимая активных действий. В связи с этим потерь боевых кораблей почти не было. Румынский флот активных действий тоже не предпринимал, спрятавшись за минные поля и береговые батареи. Болгария, хоть и числилась союзником Германии, в боевых действиях не участвовала. Но даже снижение активности флота не избавило его от потерь. Причем потерь досадных.
13 июля при выходе из Севастополя эсминец «Беспощадный» из-за навигационной ошибки (опять навигационная ошибка!) сошел с фарватера и сел на мель. Командир корабля капитан 3-го ранга П.В. Глазовский был отдан под трибунал и осужден на 5 лет.
Читая советскую военную историю, можно понять, что на море царило затишье. Но это не так. Военный флот действительно бездействовал, но огромная нагрузка по эвакуации оборудования, материалов, продовольствия и сырья легла на «гражданские» суда. В начале войны плавсредства Наркомата морского флота работали без прикрытия военных, на свой страх и риск, не имея на борту даже информации о своих минных заграждениях.