Более или менее организованная эвакуация началась только 11 числа, когда ситуация была уже критической. Одновременно с этим в Николаев и на Тендровскую косу были переброшены батальон морской пехоты Дунайской флотилии, 17-я пульрота и несколько подвижных батарей. Был сформирован сводный полк морской пехоты Николаевской военно-морской базы. Большая заслуга Г.И. Левченко заключается в том, что он смог навести порядок и начать эвакуацию недостроенных кораблей и грузов, привлекая для этого весь возможный тоннаж.
13 августа морской буксир «Симеиз» (капитан В.А. Вечный) под обстрелом немецкой артиллерии вывел из Николаева эскадренный миноносец «Огневой». Вместе с ним шел ледокол «С. Макаров» (капитан Д.Т. Чертков), буксировавший недостроенный крейсер «Куйбышев» с оборудованием заводов и эвакуируемыми семьями рабочих. В Очакове на помощь подоспел морской буксир «Тайфун» (капитан И.К. Омельянов). Двойной тягой они привели эсминец «Огневой» в Севастополь. Здесь «Симеиз» принял на буксир лидер «Минск» и отбуксировал его в Керчь.
На следующий день, 14 августа, из Очакова в Севастополь был выведен недостроенный эскадренный миноносец «Опасный». Некоторые недостроенные корабли и подводные лодки эвакуировались из Николаева своим ходом.
Подводная лодка Л-24 командованием капитан-лейтенанта Андрея Антоновича Косенко вышла в Севастополь 13 августа 1941 г., не имея аккумуляторных батарей. На лодке отсутствовали многие механизмы, она не могла погружаться. Вместе с экипажем на подводной лодке шла сдаточная команда во главе со строителем М.И. Бычковым и механиком А.А. Змейцыным. На выходе из города лодку обстреляла артиллерия противника, а в районе Тарханкут Л-24 попала в сильный шторм.
Однотипная с ней Л-25, находившаяся в меньшей степени готовности, была выведена на буксире. Одновременно с ней из Николаева были отбуксированы недостроенные подводные лодки С-34 и С-35. К сожалению, не обошлось и без потерь. Выводившиеся из Николаева корабли и суда почему-то боевыми кораблями не прикрывались.
13 августа транспорт «Полина Осипенко» (капитан А.А. Орлов) покинул Николаев, направляясь в Одессу. На его борту находилось 1500 пассажиров и 4 тыс. т зерна, а на буксире – два недостроенных военных корабля (лидер «Киев» и подводная лодка С-35). В Днепробугском лимане и на Очаковском канале караван был трижды атакован самолетами противника. От прямого попадания бомбы теплоход загорелся и стал тонуть. Капитан, передав буксируемые корабли другим судам, сумел дотянуть до береговой отмели. Здесь с помощью подоспевших рыболовных судов и военных катеров он организовал спасение пассажиров. А.А. Орлов покинул теплоход последним.