Далеко не все имущество Николаевской военно-морской базы удалось эвакуировать. Так, к примеру, противник захватил две новейших спаренных башенных 76-мм установки, предназначавшихся для эсминцев типа «Огневой». Эти орудия впоследствии использовались в немецкой береговой артиллерии.
Не удалось эвакуировать и часть недостроенных кораблей и судов. Так, к примеру, теплоход «Степан Разин» (2150 брт), захваченный на заводе им. 61 коммунара, был достроен немцами и переименован в «Alarich». Судно использовалось в течение всей войны, затем при отступлении затоплено в Браиле. Поднят в мае 1945 г. и возвращен СССР, находился в эксплуатации до 1971 г.
В составе немецких транспортов в 1942–1943 гг. числился большой теплоход «Boy Peddersen». На самом деле это бывший советский теплоход «Харьков», 6689 брт, захваченный и восстановленный немцами.
Интересно, но эвакуацию из Николаева обеспечивали только корабли Одесской военной базы и «отряда». Боевые корабли к этому не привлекались.
Обеспечивая буксировку и выход транспортов из Днепро-Бугского лимана, погиб тральщик Т-503 «Байкал» (5-й дивизион тральщиков ОВМБ), потопленный немецкой авиацией. Через несколько часов погиб Т-487 «Очаковский канал» (4-й дивизион тральщиков ОВМБ), получив попадание нескольких авиабомб. Корабль, имевший на буксире баржу, был лишен возможности маневрировать и не смог уклониться от бомб.
Пока с противником сражались мобилизованные суда, основной состав флота был надежно спрятан в Севастопольской и Новороссийской бухтах. Флот прикрыли от налетов противника большим количеством зенитной артиллерии (только в Севастополе на тот момент находились два зенитно-артиллерийских полка и два отдельных зенитных дивизиона).
Ситуация резко изменилась 19 августа 1941 г. Именно в этот день поступила директива Ставки Верховного главнокомандования о создании Одесского оборонительного района (OOP), непосредственно подчиненного Военному совету Черноморского флота. Используя директиву, Г.И. Левченко заставил основной состав флота «работать» на Одессу. Против этого резко возражал командующий ЧФ Ф.С. Октябрьский, но зам. наркома ВМФ Г.И. Левченко имел более высокую должность (да и авторитет его был намного выше).
С началом войны объектами атак подводников были румынские, немецкие и болгарские суда, а с октября 1941 г. – все проходящие через позиции лодок суда и корабли. Командирам подлодок предоставлялось право самим решать, кого атаковать в составе конвоя: транспорт, танкер или эсминец. Открыла боевой счёт на ЧФ Щ-211 под командованием капитан-лейтенанта А. Девятко с командиром дивизиона Б. Успенским на борту. 15 августа южнее Варны она атаковала и потопила румынский транспорт «Пелес» водоизмещением 5708 брт.