Очень скоро основным центром деятельности ордена госпитальеров стала Мальта, туда же переместилась и верхушка ордена.
Относительно названия «орден госпитальеров» следует иметь в виду, что это название считается жаргонным или фамильярным. В официальном названии ордена нет слова «госпитальеры» (les hospitalieres). Официальным названием является Странноприимный орден (l’Ordre hospitalier), а не «орден госпитальеров». Так произошло потому, что первоначально главной задачей военного Странноприимного ордена святого Иоанна была защита пилигримов, странников, совершающих паломничество на Святую землю. Позже, когда военные задачи ордена отошли на второй план, он вновь вернулся к гуманитарной и благотворительной деятельности. Точно такими же целями занимается этот орден и сегодня: ведь госпитальеры существуют и до сегодняшнего дня. Госпитальеры по сей день есть и на Мальте, и в прочих европейских странах. Но с точки зрения международного права Мальтийский орден является не государством, а государственным образованием.
Орден Госпитальеров и орден рыцарей Храмовников — тамплиеров, основанный в 1119 году, стали самыми могущественными и мощными христианскими организациями. В постоянных сражениях с мусульманами в Палестине орден продемонстрировал свои лучшие отличительные признаки. Госпитальеры были такими же отличными солдатами, как и тамплиеры. Их храбрость и воинское мужество вошли в поговорку. Формой рыцарей-солдат стали черные туники с белыми крестами.
К середине XII века орден разделился на две части: братьев-воинов и братьев-лекарей. Воины отвечали за воинскую часть, а в ведении лекарей были многочисленные больницы, которые открывал орден. Братья, желающие вступить на путь лекарства, получали хорошее медицинское образование за счет ордена, учились у лучших докторов (это было действительно серьезное образование в те времена), а потом занимались исключительно медицинской практикой. Надо сказать, что в ведении госпитальеров была обширная медицинская библиотека, они с успехом практиковали траволечение, излечивали разные болезни и даже делали простейшие хирургические операции.
Но несмотря на такое разделение орден по-прежнему оставался религиозным и располагал рядом привилегий, дарованных папским престолом. Например, орден не подчинялся никому, кроме папы, не платил десятину, имел право владеть собственными духовными строениями и другой собственностью. Множество значимых христианских фортификационных сооружений в Святой земле были построены именно госпитальерами.
После чудовищного разгрома ордена тамплиеров в 1312 году значительная часть их владений была передана госпитальерам. Это было сделано официально.