Рафаэля очень многие обвиняли в полной некомпетентности, но, конечно, это было не совсем так. Невозможно было создавать прекрасные фрески, не будучи архитектором, не владея знаниями по архитектуре. Конечно, в первую очередь Рафаэль был живописцем. Но недаром говорят, что талантливый человек талантлив во всем. Рафаэль обладал быстрой обучаемостью, к тому же был учеником Браманте, который заведовал стройкой с 1506 года. Поэтому назначение было вполне оправданным.
Вознесение Рафаэля на самый верх пришлось не по душе тем, кто сам метил на эту должность. По легенде, папа устроил нечто вроде конкурса для претендентов. Нужно было представить эскизы и макет будущего храма. Работы всех участников были очень хороши, но когда папа увидел проект Рафаэля, он понял, что именно такой храм прославит его на века. Это был тот самый храм, о котором он мечтал с самого начала постройки.
По своим техническим параметрам проект Рафаэля был очень сложен и соответствовал более современной архитектуре. Кроме того, собор получался большей площади, чем планировалось раньше. Поэтому для его расширения было необходимо снести несколько древних часовен и храмов, которые мешали строительству. Это вызвало настоящие волнения. Рафаэля обвиняли в том, что он намеренно уничтожает произведения искусства. Но, находясь под покровительством папы, он все-таки настоял на своем, сумев сделать так, как считал нужным.
К сожалению, архитектурные творения Рафаэля постигла более печальная участь, чем фрески и живописные работы. После смерти самого Рафаэля его планы реконструкции собора святого Петра были пересмотрены. В его архитектурные конструкции были внесены значительные изменения, а часть построек, которые предполагалось снести, были оставлены и не подвергнуты сносу. Большинство же архитектурных сооружений, построенных Рафаэлем лично, были впоследствии снесены или полностью перестроены. Поэтому сейчас мы не имеем возможности составить полное представление о достижениях Рафаэля в сфере архитектуры.
В 1515 году Рафаэль был назначен на очередную высокую должность. Он получил место главного хранителя древностей. Папа Лев X возложил на художника ответственность за сохранение и перепись античных изваяний. Это означало, что каждое изваяние, найденное при строительных работах или вынесенное из часовни, которая должна была подвергнуться сносу, заносилось в специальный каталог и становилось на специальный папский учет. Делалось это для того, чтобы ценности (а античные изваяния уже в те годы стоили очень дорого) не уплывали из папской казны. Если перевести на современный язык, Рафаэль должен был следить за тем, чтобы не воровали статуи, и мешать разворовывать, списывать обнаруженные сокровища.