Одновременно с размещением заказов встал вопрос о транспортировке лодок на Дальний Восток. Морской путь исключался: буксировку на столь длительное расстояние подводные лодки того времени не выдержали бы, а отправлять их на палубе большегрузных пароходов представлялось делом, весьма рискованным, из-за возможности нападения японского флота. Оставался единственный путь – Транссибирская магистраль. Но железная дорога принимала только те грузы, которые при установке на платформы вписывались в нормальные габариты, гарантирующие сохранность как самого груза, так и станционных зданий, мостов, туннелей и пр. В результате кропотливых расчетов пришли к выводу, что строящиеся подводные лодки по своим габаритам пригодны для перевозки, но необходимо уменьшить их массу до 100 тонн, чтобы сохранить в целости железнодорожное полотно.
Корабельный инженер Бубнов блестяще справился с несвойственной ему задачей – в кратчайший срок разработал специальный железнодорожный транспортер для перевозок лодок различных типов. Заказ для изготовления пяти транспортеров получил Путиловский завод, имевший опыт в строительстве подвижного железнодорожного состава. В октябре 1904 года транспортеры были готовы. 21 октября началась подготовка восьми лодок к отправке на Восток.
Каждый эшелон формировался из двух транспортеров с лодками и штабного вагона-«теплушки» для личного состава. Наиболее тяжелые механизмы – двигатели, аккумуляторные батареи, воздушные баллоны – отправлялись отдельно, обычными грузовыми эшелонами. В конце октября началась пробная прокатка транспортеров. Морское министерство торопило с отправкой: вот-вот могло прерваться паромное сообщение через Байкал, а обходная Кругобайкальская железная дорога была еще не готова. Кроме того, существовала опасность выхода японских войск на участок дороги, проходившей через Маньчжурию, что сделало бы доставку лодок во Владивосток вообще невозможной. 2 ноября 1904 года в путь двинулся первый эшелон № 633 с подводными лодками «Скат» и «Налим» под общим командованием командира «Ската» лейтенанта Тьедера. 4 ноября отправился второй эшелон № 634 с подводными лодками «Касатка», и «Фельдмаршал граф Шереметев».
Несмотря на все трудности первые эшелоны № 633 и 634 благополучно прибыли во Владивосток. Подводная лодка «Форель», отправленная из Петербурга в собранном виде, прибыла к месту назначения несколько раньше – 29 сентября. Сразу же по прибытии лодки снимали с транспортеров, которым предстоял обратный путь за оставшимися кораблями. Таким образом, до конца лета 1905 года во Владивосток доставили подводные лодки «Сом», «Дельфин», «Щука», «Осетр» и «Кефаль». Всего в связи с началом Русско-японской войны к концу лета 1905 года во Владивосток было транспортировано по железной дороге 13 подводных лодок. Лодки были построены различными фирмами: 5 – Лэка, типа «Осетр»; 2 – Холланда, типа «Сом»; 1 – Круппа, типа «Форель»; 1 – Балтийского завода, типа «Дельфин» и 4 – Балтийского завода, типа «Касатка».